以STM32单片机为核心，设计一个数码管显示的四位计数器，键盘有“加1”、“减1”和“清零”三个按键，键操作功能定义为：每按一次“加1”键，显示器显示数值增1，每按一次“加1”键，显示器显示数值增1，至9999再回0；每按一次“减1”键，显示器显示数值减1，至0再回9999；每按一次“清零”键，显示器显示数值清零

这个数码管计数器可以用STM32单片机的GPIO口来控制数码管的显示，用按键来实现功能选择和数值修改。以下是一个基本的参考设计：

1. 硬件设计

数码管计数器使用四个共阳数码管。数码管的控制使用STM32的GPIO口，连接到数码管的A、B、C、D、E、F、G、DP8个引脚。按键使用三个开关，一个接GND，一个接VCC，一个接到GPIO口，用于检测按下状态。输入端口需要加上上拉电阻，以确保输入的高低电平的正确性。

2. 软件设计

使用STM32单片机的GPIO口控制数码管的显示，使用定时器中断来实现数码管的扫描。在定时器中断中，按照计数器的值，将对应的数码管的8个引脚设置为高低电平，以实现数码管的显示。

按键检测可以使用GPIO口的外部中断来实现。在按键按下时触发外部中断，根据按键的类型，修改计数器的值，并在数码管上显示出来。

3. 代码实现

以下是一个基本的代码框架，仅供参考：

#include "stm32f10x.h"

#define KEY_PLUS GPIO_Pin_0
#define KEY_MINUS GPIO_Pin_1
#define KEY_CLEAR GPIO_Pin_2

void GPIO_Configuration(void)
{
    GPIO_InitTypeDef GPIO_InitStructure;

    // 数码管控制口
    RCC_APB2PeriphClockCmd(RCC_APB2Periph_GPIOA, ENABLE);
    GPIO_InitStructure.GPIO_Pin = GPIO_Pin_0 | GPIO_Pin_1 | GPIO_Pin_2 | GPIO_Pin_3 | GPIO_Pin_4 | GPIO_Pin_5 | GPIO_Pin_6 | GPIO_Pin_7;
    GPIO_InitStructure.GPIO_Mode = GPIO_Mode_Out_PP;
    GPIO_InitStructure.GPIO_Speed = GPIO_Speed_50MHz;
    GPIO_Init(GPIOA, &GPIO_InitStructure);

    // 按键输入口
    RCC_APB2PeriphClockCmd(RCC_APB2Periph_GPIOB, ENABLE);
    GPIO_InitStructure.GPIO_Pin = KEY_PLUS | KEY_MINUS | KEY_CLEAR;
    GPIO_InitStructure.GPIO_Mode = GPIO_Mode_IPU;
    GPIO_InitStructure.GPIO_Speed = GPIO_Speed_50MHz;
    GPIO_Init(GPIOB, &GPIO_InitStructure);
}

void TIM_Configuration(void)
{
    TIM_TimeBaseInitTypeDef TIM_TimeBaseStructure;
    NVIC_InitTypeDef NVIC_InitStructure;

    // 定时器中断
    RCC_APB1PeriphClockCmd(RCC_APB1Periph_TIM2, ENABLE);
    TIM_TimeBaseStructure.TIM_Period = 999;
    TIM_TimeBaseStructure.TIM_Prescaler = 7199;
    TIM_TimeBaseStructure.TIM_ClockDivision = TIM_CKD_DIV1;
    TIM_TimeBaseStructure.TIM_CounterMode = TIM_CounterMode_Up;
    TIM_TimeBaseInit(TIM2, &TIM_TimeBaseStructure);
    TIM_ITConfig(TIM2, TIM_IT_Update, ENABLE);
    TIM_Cmd(TIM2, ENABLE);

    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannel = TIM2_IRQn;
    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelPreemptionPriority = 0;
    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelSubPriority = 1;
    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelCmd = ENABLE;
    NVIC_Init(&NVIC_InitStructure);
}

void EXTI_Configuration(void)
{
    EXTI_InitTypeDef EXTI_InitStructure;
    NVIC_InitTypeDef NVIC_InitStructure;

    // 外部中断
    RCC_APB2PeriphClockCmd(RCC_APB2Periph_AFIO, ENABLE);
    GPIO_EXTILineConfig(GPIO_PortSourceGPIOB, GPIO_PinSource0);
    GPIO_EXTILineConfig(GPIO_PortSourceGPIOB, GPIO_PinSource1);
    GPIO_EXTILineConfig(GPIO_PortSourceGPIOB, GPIO_PinSource2);

    EXTI_InitStructure.EXTI_Line = EXTI_Line0 | EXTI_Line1 | EXTI_Line2;
    EXTI_InitStructure.EXTI_Mode = EXTI_Mode_Interrupt;
    EXTI_InitStructure.EXTI_Trigger = EXTI_Trigger_Falling;
    EXTI_InitStructure.EXTI_LineCmd = ENABLE;
    EXTI_Init(&EXTI_InitStructure);

    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannel = EXTI0_IRQn;
    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelPreemptionPriority = 0;
    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelSubPriority = 0;
    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelCmd = ENABLE;
    NVIC_Init(&NVIC_InitStructure);

    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannel = EXTI1_IRQn;
    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelPreemptionPriority = 0;
    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelSubPriority = 0;
    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelCmd = ENABLE;
    NVIC_Init(&NVIC_InitStructure);

    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannel = EXTI2_IRQn;
    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelPreemptionPriority = 0;
    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelSubPriority = 0;
    NVIC_InitStructure.NVIC_IRQChannelCmd = ENABLE;
    NVIC_Init(&NVIC_InitStructure);
}

void TIM2_IRQHandler(void)
{
    static unsigned int cnt = 0;

    TIM_ClearITPendingBit(TIM2, TIM_IT_Update);

    // 数码管扫描
    // 根据计数器的值，设置数码管的8个引脚的电平
    // ...

    cnt++;
    if (cnt >= 100) {
        cnt = 0;
        // 计数器加1
        // 如果计数器为9999，则清零
        // ...
    }
}

void EXTI0_IRQHandler(void)
{
    EXTI_ClearITPendingBit(EXTI_Line0);

    // 按键加1
    // ...
}

void EXTI1_IRQHandler(void)
{
    EXTI_ClearITPendingBit(EXTI_Line1);

    // 按键减1
    // ...
}

void EXTI2_IRQHandler(void)
{
    EXTI_ClearITPendingBit(EXTI_Line2);

    // 按键清零
    // ...
}

int main(void)
{
    GPIO_Configuration();
    TIM_Configuration();
    EXTI_Configuration();

    while(1) {

    }
}

以上代码仅是一个基本的框架，具体的实现需要根据实际的硬件和需求来进行修改和完善。