怎么使用pubmlst网站分析cgmlst并下载结果做进化树

以下是使用 PubMLST 网站分析 cgMLST 并下载结果以制作进化树的步骤：

1. 打开 PubMLST 网站（https://pubmlst.org/）并选择你要分析的物种。

2. 选择 "cgMLST" 选项卡，并选择 "cgMLST Schema" 列表中的一个模式。

3. 在 "Perform analysis" 部分输入你的序列数据。

4. 点击 "Submit analysis" 按钮开始分析。

5. 分析完成后，你可以在 "Download results" 部分下载分析结果。

6. 下载 "allele calls" 文件，并将其转换为适合制作进化树的格式。

7. 使用适当的进化树软件（如MEGA或PHYLIP）制作进化树。

注意：在进行cgMLST分析之前，你需要使用合适的软件对序列数据进行质量控制和去除低质量序列。

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怎么使用pubmlst网站分析ccgmlst并下载结果做进化树

下面是使用 pubmlst 网站分析 ccgmlst 并下载结果做进化树的步骤：

1. 打开 pubmlst 网站（https://pubmlst.org/），选择菜单栏中的 "Databases"，在下拉菜单中选择 "C. difficile"。

2. 在 "C. difficile" 数据库页面中，选择 "Start a new analysis" 进入分析页面。

3. 在分析页面中，选择 "ccgmlst" 作为分析工具。输入菌株的信息，包括 "Strain name"、"Sequence type (ST)"、"MLST alleles" 和 "ccgmlst alleles"。

4. 在输入信息后，点击 "Submit" 按钮。pubmlst 网站将会对输入的信息进行分析，并生成一个结果页面。

5. 在结果页面中，选择 "Download" 按钮，将分析结果下载到本地计算机。

6. 使用分析软件，例如 MEGA X、PhyML 或 RAxML，将下载的结果文件导入，生成进化树。

7. 根据进化树的结果，可以对菌株进行分类和进化分析。

需要注意的是，pubmlst 网站提供了多个数据库和分析工具，可以根据具体需要选择相应的工具进行分析。同时，进化树的生成也可以使用其他软件，如IQ-TREE、MrBayes等。

怎么使用pubmlst网站做cgmlst进化树

要使用PubMLST网站构建cgMLST进化树，您需要执行以下步骤：

1.访问PubMLST网站（https://pubmlst.org/）并创建一个帐户。

2.选择您感兴趣的微生物菌株，并下载其cgMLST的数据。

3.使用在线工具如Gingr （https://github.com/gingr-browser/gingr）或Phyloviz（http://www.phyloviz.net/）进行基于cgMLST数据的进化树构建。在这些工具中，您可以上传您的数据，定义进化树的参数，并进行可视化和分析。

4.在构建完成后，您可以使用这些工具导出进化树并在您的研究中使用。

请注意，这只是cgMLST进化树构建的一般步骤，具体步骤可能会因软件和数据集而有所不同。您可能需要查看软件文档以获取更详细的指导。