Error in grDevices::pdf(file = filename, ..., version = version) : unused argument (theme = list(list()))

这个错误通常是由于在使用`ggsave()`函数保存图形时，将`theme`参数用了一个空的列表，即`theme = list(list())`，导致出现了无效参数的错误。解决方法是将`theme`参数设为空值即可，即`theme = NULL`。具体操作如下：

library(ggplot2)
# 创建一个示例数据集
data <- data.frame(x = c(1,2,3), y = c(2,3,4))

# 绘制散点图
p <- ggplot(data, aes(x, y)) +
  geom_point() + 
  theme(panel.border = element_blank(),
        panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(),
        axis.line = element_line(colour = "black"))

# 保存图形并去除边框
ggsave("plot.pdf", plot = p, width = 6, height = 4, dpi = 300, theme = NULL)

在`ggsave()`函数中，`theme`参数设置为空值即可。

相关问题

if (1 %in% which) { # First plot (residuals vs index) res <- stats::residuals(x, type = x$residualname) ylim <- range(res, na.rm = TRUE) if (id.n > 0) ylim <- grDevices::extendrange(r = ylim, f = 0.08) grDevices::dev.hold() residualname <- paste0(toupper(substring(x$residualname, 1, 1)), substring(x$residualname, 2)) if(include.residualtype){ caption[[1]] = paste(residualname, caption[[1]]) } ylab <- paste0(residualname, " residuals") graphics::plot(res, ylab = ylab, xlab = "Obs. number", main = main, ylim = ylim, cex = cex.points, col = col.points, ...) graphics::abline(0, 0, lty = 3) if (one.fig) graphics::title(sub = sub.caption, ...) graphics::mtext(getCaption(1), side = 3, cex = cex.caption, col = col.caption) if(id.n > 0) place_ids(1:length(res), res, 0.5, TRUE) grDevices::dev.flush() }

这段代码在之前的代码段中的函数中，实现了第一个图的绘制。首先，如果 which 中包含 1，则绘制第一个图（残差 vs 观测值序号）。函数通过调用 residuals 函数获取对象 x 的残差 res，并根据 id.n 的值对 y 轴范围进行调整。接下来，函数创建 y 轴标签 ylab，并根据 include.residualtype 的值选择不同的字符串格式。如果 include.residualtype 为真，则将残差类型加入到 caption[[1]] 中。否则，caption[[1]] 不变。接着，函数使用 plot 函数绘制残差图，其中 y 轴标签为 ylab，x 轴标签为 "Obs. number"，标题为 main，y 轴范围为 ylim，点大小为 cex.points，点颜色为 col.points，其他参数使用 ...。函数还通过 abline 函数在图中添加了一条虚线，用于表示理论上的残差为 0。接下来，函数通过调用 title 函数将子标题 sub.caption 添加到图中。然后，函数通过调用 mtext 函数将 caption[[1]] 添加到图的上方。最后，如果 id.n 大于 0，则函数调用了之前提到的 place_ids 函数，将标识符和标签的位置绘制在图形中。

showDatabaseCategory(CellChatDB) #作 者提供了可视化的代码，可以看到该数据库中“Secreted Signaling”占比过半 Error in grDevices::pdf(NULL, width = width, height = height) : Graphics API version mismatch 什么问题

这个错误可能是由于您使用的R版本与绘图设备(grDevices)包中使用的图形API版本不兼容导致的。您可以尝试以下解决方法：

1. 确保您的R版本和绘图设备包(grDevices)是最新的。可以尝试更新R版本和相应的包，然后再次运行代码。

2. 如果您已经使用最新版本的R和绘图设备包，但仍然遇到此错误，请尝试重新安装绘图设备包。可以使用以下命令从CRAN重新安装grDevices包：

install.packages("grDevices")

3. 如果以上方法仍然无效，您可以尝试使用其他绘图设备或图形输出格式来保存图像，例如使用png()函数来保存为PNG格式：

png("plot.png", width = 800, height = 600)
showDatabaseCategory(CellChatDB)
dev.off()

希望这些解决方法能够帮助您解决问题。如果问题仍然存在，请提供更多的错误信息和上下文，以便我们能够更好地帮助您。