使用scatterplot3d画3DPCA，基因表达矩阵和样本组别信息分别放于2个txt文件时，如何将3组样本按照Group设置为红色、绿色和黑色，同时按照type类型将形状画为圆形，三角形和正方形？

可以按照以下步骤实现：

1. 读取基因表达矩阵和样本组别信息的txt文件，存储为数据框或矩阵。

2. 进行3DPCA分析，提取前三个主成分的得分，存储为数据框。

3. 将样本组别信息和3DPCA分析结果的得分数据框进行合并。

4. 根据样本组别信息设置颜色，根据type类型设置形状。

5. 使用scatterplot3d函数绘制散点图，设置颜色和形状参数。

以下是代码示例：

# 读取基因表达矩阵和样本组别信息的txt文件
gene_expr <- read.table("gene_expr.txt", header = TRUE, row.names = 1)
group_info <- read.table("group_info.txt", header = TRUE)

# 进行3DPCA分析，提取前三个主成分的得分
library("PCA")
pca_result <- PCA(gene_expr, graph = FALSE)
pca_scores <- as.data.frame(pca_result$ind$coord[,1:3])

# 合并样本组别信息和3DPCA分析结果的得分数据框
pca_scores$Group <- group_info$Group
pca_scores$type <- group_info$type

# 根据样本组别信息设置颜色，根据type类型设置形状
colors <- c("black", "red", "green")
shapes <- c(16, 17, 15)
pca_scores$Color <- colors[as.numeric(pca_scores$Group)]
pca_scores$Shape <- shapes[as.numeric(pca_scores$type)]

# 使用scatterplot3d函数绘制散点图，设置颜色和形状参数
library("scatterplot3d")
with(pca_scores, {
  scatterplot3d(x = Comp.1, y = Comp.2, z = Comp.3,
                color = Color, pch = Shape,
                xlab = "PC1", ylab = "PC2", zlab = "PC3")
})