我想拆分一个FASTA文件,而这个文件中有许多的样本,我的任务是把他们按样本拆成很多个fasta文件,该怎么做呢,seqkit版本是2.3.0
时间: 2023-06-04 10:05:21 浏览: 462
fasta文件的切分算法——java实现
您可以使用SeqKit的 "grep" 命令,针对每一个样本的编号(即Fasta格式中大于号" > "后的部分)进行筛选,并将匹配的条目输出到一个新文件中,例如:
seqkit grep -r -p "^>Sample_A" input_file.fasta > output_file_sample_A.fasta
其中,"-r" 参数表示使用正则表达式匹配,"-p" 参数表示指定匹配的正则表达式, "^>Sample_A" 表示匹配以">Sample_A"开头的行, ">" 表示大于号, "Sample_A" 是您指定的样本编号。
对于每一个样本,您需要手动修改上述命令中的 "-p" 参数。
希望对您有所帮助!
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