用python把多个fasta文件合并

在Python中，你可以使用生物信息学库Biopython来处理FASTA文件并合并它们。以下是一个简单的示例，说明如何读取多个FASTA文件并将内容合并到一个新的FASTA文件中：

from Bio import SeqIO

def merge_fasta_files(input_files, output_file):
    # 创建一个空的SeqRecord列表用于存放合并的内容
    records = []

    # 遍历输入文件列表
    for input_file in input_files:
        with open(input_file, 'r') as handle:
            # 使用Bio.SeqIO逐条读取FASTA记录
            for record in SeqIO.parse(handle, "fasta"):
                records.append(record)

    # 将所有记录写入到输出文件
    with open(output_file, 'w') as handle:
        SeqIO.write(records, handle, "fasta")

# 示例：合并名为input1.fasta, input2.fasta等的文件到output.fasta
input_files = ['input1.fasta', 'input2.fasta']  # 替换为你实际的文件路径
merge_fasta_files(input_files, 'merged_output.fasta')

在这个脚本中，`SeqIO.parse()`函数用于从每个输入文件中读取FASTA序列，然后`SeqIO.write()`将这些序列写入到输出文件。确保先安装了Biopython库，如果没有安装，可以使用pip安装：`pip install biopython`。