python导入tsv文件输出为csv

时间: 2024-05-02 16:16:13 浏览: 10
可以使用Python内置的csv和pandas库来实现将tsv文件转换为csv文件的操作。下面是一个示例代码: ```python import csv import pandas as pd # 读取tsv文件 with open('input_file.tsv', 'r', encoding='utf-8') as tsvfile: reader = csv.reader(tsvfile, delimiter='\t') data = [row for row in reader] # 将数据写入csv文件 with open('output_file.csv', 'w', newline='', encoding='utf-8') as csvfile: writer = csv.writer(csvfile) writer.writerows(data) ``` 另外,也可以使用pandas库中的read_csv和to_csv函数来实现: ```python import pandas as pd # 读取tsv文件 df = pd.read_csv('input_file.tsv', sep='\t') # 将数据写入csv文件 df.to_csv('output_file.csv', index=False, encoding='utf-8') ``` 这两种方法都可以将tsv文件转换为csv文件,具体使用哪种方式取决于个人习惯和需求。
相关问题

python 在jupyter notebook读入chipotle.tsv文件数据

在Jupyter Notebook中读取chipotle.tsv文件数据可以使用Python的pandas库来实现。首先,你需要确保已经安装了pandas库,如果没有安装可以使用以下命令进行安装: ``` !pip install pandas ``` 安装完成后,你可以使用以下代码来读取chipotle.tsv文件数据: ```python import pandas as pd # 读取文件数据 data = pd.read_csv('chipotle.tsv', sep='\t') # 打印前几行数据 print(data.head()) ``` 在上述代码中,我们首先导入了pandas库,并使用`read_csv`函数来读取chipotle.tsv文件数据。`sep='\t'`参数指定了文件的分隔符为制表符。然后,我们使用`head`函数打印了前几行数据。 请确保chipotle.tsv文件与你的Jupyter Notebook文件在同一目录下,或者使用正确的文件路径来读取文件数据。

python中导入数据的代码

### 回答1: Python中导入数据的代码有多种方式,下面就两种常用的方式进行介绍。 方式一:使用内置模块csv导入CSV文件的数据。 首先,需要导入csv模块,接下来使用`csv.reader`函数读取CSV文件。然后,使用循环逐行读取文件中的数据,将每行数据存储到一个列表中。 ```python import csv data = [] # 存储数据的列表 with open('data.csv', 'r') as file: csv_reader = csv.reader(file) for row in csv_reader: data.append(row) ``` 说明: - `data.csv`是要导入的CSV文件名,需要在同一目录下。 - `data`是存储数据的列表,每个元素是一行数据的列表。 方式二:使用第三方库pandas导入数据。 首先,需要安装pandas库,然后导入库。接下来使用`pandas.read_csv`函数读取CSV文件。 ```python import pandas as pd data = pd.read_csv('data.csv') ``` 说明: - `data.csv`是要导入的CSV文件名,需要在同一目录下。 - `data`是一个DataFrame对象,存储了读取的数据。 以上两种方式都可以导入CSV文件的数据,具体选择哪种方式取决于个人习惯和需求。 ### 回答2: 在Python中,我们可以使用不同的库和方法来导入数据。 如果我们想要导入以逗号分隔的文件(如.csv文件),我们可以使用pandas库的`read_csv()`函数。例如: ```python import pandas as pd data = pd.read_csv('data.csv') ``` 这将把文件"data.csv"的内容导入到一个名为"data"的DataFrame中。 如果我们想要导入以制表符分隔的文件(如.tsv文件),我们可以使用pandas库的`read_csv()`函数,并将参数`delimiter`设置为制表符。例如: ```python import pandas as pd data = pd.read_csv('data.tsv', delimiter='\t') ``` 这将把文件"data.tsv"的内容导入到一个名为"data"的DataFrame中。 如果我们想要导入Excel文件,我们可以使用pandas库的`read_excel()`函数。我们需要先安装`xlrd`库,然后使用以下代码: ```python import pandas as pd data = pd.read_excel('data.xlsx') ``` 这将把Excel文件"data.xlsx"的内容导入到一个名为"data"的DataFrame中。 除了pandas,还有其他库可以导入不同格式的数据,如`numpy`和`csv`等。具体使用哪个库取决于数据的格式和处理需求。 ### 回答3: 在Python中,导入数据的代码取决于要导入的数据类型和数据来源。以下是几种常见的数据导入方法: 1. 从本地文件导入数据: 可以使用Python内置的`open()`函数打开本地文件,然后使用`read()`方法读取文件内容。例如,假设要导入一个名为data.txt的文本文件,可以这样读取数据: ```python with open('data.txt', 'r') as file: data = file.read() ``` 2. 使用pandas库导入Excel文件: 如果要导入Excel文件,可以使用pandas库的`read_excel()`函数。首先,需要确保已经安装了pandas库,然后可以使用以下代码导入Excel文件中的数据: ```python import pandas as pd data = pd.read_excel('data.xlsx') ``` 3. 从数据库中导入数据: 如果要从数据库中导入数据,通常需要使用相应的数据库连接库,如`sqlite3`、`psycopg2`等。以SQLite数据库为例,可以使用以下代码连接到数据库,并执行查询语句来获取数据: ```python import sqlite3 # 连接到SQLite数据库 conn = sqlite3.connect('database.db') # 创建游标对象 cursor = conn.cursor() # 执行查询语句 cursor.execute('SELECT * FROM table') # 获取查询结果 data = cursor.fetchall() ``` 这些代码片段提供了导入数据的几种常见方法,具体取决于数据类型和数据来源,你可以根据自己的需求选择适合的方法。

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帮我解读下这个代码:import csv import os import numpy as np import pandas as pd import pymysql from pymysql import connect # %% # drug_table = pd.read_excel('./data/drug.xlsx') drug_table_an = pd.read_excel('./data/mimiciv_feature_info.xlsx', sheet_name='antibiotic') drug_table_sa = pd.read_excel('./data/mimiciv_feature_info.xlsx', sheet_name='sedatives_and_analgesics') drug_table_co = pd.read_excel('./data/mimiciv_feature_info.xlsx', sheet_name='anticoagulant') prescriptions = pd.read_csv('/data/check_in/EHR_data/MIMIC_III/CSV/PRESCRIPTIONS.csv') item = pd.read_csv('/data/check_in/EHR_data/MIMIC_III/CSV/D_ITEMS.csv') labitem = pd.read_csv('/data/check_in/EHR_data/MIMIC_III/CSV/D_LABITEMS.csv') columns_pre = prescriptions.columns.tolist() columns_item = item.columns.tolist() columns_labitem = labitem.columns.tolist() # drugs = (drug_table['anticoagulant'].to_list()+drug_table['antiplatelet'].to_list())[:-4] drugs = ['barbital' ,'zepam' ,'zolam' ,'zolpidem' ,'propofol' ,'dexmedetomidine' ,'pentobarbital' ,'clonazepam' ,'alprazolam' ,'estazolam' ,'Zolpidem Tartrate'] drug_test_tsv = open('drug_patients_sedative.csv', 'w', newline='', encoding='utf-8') drug_test = csv.writer(drug_test_tsv, delimiter=',') drug_test.writerow(columns_pre) item_test_tsv = open('item_patients_sedative.csv', 'w', newline='', encoding='utf-8') item_test = csv.writer(item_test_tsv, delimiter=',') item_test.writerow(columns_item) labitem_test_tsv = open('labitem_patients_sedative.csv', 'w', newline='', encoding='utf-8') labitem_test = csv.writer(labitem_test_tsv, delimiter=',') labitem_test.writerow(columns_labitem) # import pdb;pdb.set_trace() for drug in drugs: # print(type(drug)) sql = "select * FROM PRESCRIPTIONS where drug like '%"+ drug + "%' or drug_name_poe like '%"+ drug + "%' or drug_name_generic like '%"+ drug + "%'" print(sql) conn = connect(host='127.0.0.1', port=3306, user='root', passwd='root', db='mimiciii') cursor = conn.cursor() cursor.execute(sql) data_tmp = cursor.fetchall() # print(data_tmp is None) if len(data_tmp) != 0: for data_cur in data_tmp: print(data_cur[1], data_cur[2], data_cur[3], data_cur[7], data_cur[8], data_cur[9]) drug_test.writerow(list(data_cur)) # import pdb;pdb.set_trace() for drug in drugs: # print(type(drug)) sql = "select * FROM D_ITEMS where label like '%{}%'" .format(drug) print(sql) conn1 = connect(host='127.0.0.1', port=3306, user='root', passwd='root', db='mimiciii') cursor1 = conn1.cursor() cursor1.execute(sql) data_tmp = cursor1.fetchall() if len(data_tmp) != 0: for data_cur in data_tmp: print(data_cur[1], data_cur[2]) item_test.writerow(list(data_cur)) # import pdb;pdb.set_trace() for drug in drugs: # print(type(drug)) sql = "select * FROM D_LABITEMS where label like '%{}%'" .format(drug) print(sql) conn1 = connect(host='127.0.0.1', port=3306, user='root', passwd='root', db='mimiciii') cursor1 = conn1.cursor() cursor1.execute(sql) data_tmp = cursor1.fetchall() if len(data_tmp) != 0: for data_cur in data_tmp: print(data_cur[1], data_cur[2]) labitem_test.writerow(list(data_cur)) # import pdb;pdb.set_trace() # %% import pandas as pd drug = pd.read_csv('drug_patients_sedative.csv') print(drug.DRUG.unique()) # %% print(drug.DRUG_NAME_POE.unique()) # %% print(drug.DRUG_NAME_GENERIC.unique()) # %%

详细逐步解释下列代码:import os.path import re import yaml import csv from tasly import builder_utils ############################ # IntAct - MutationDs # ############################ def parser(databases_directory, download=True): relationships = set() # 加载yml文件 with open('./yml/mutationDsConfig.yml', 'r') as f: config = yaml.safe_load(f) header = config['header'] output_file_name = "mutation_curated_affects_interaction_with.csv" regex = r":(\w+)\(" url = config['mutations_url'] directory = os.path.join(databases_directory, "MutationDs") builder_utils.checkDirectory(directory) file_name = os.path.join(directory, url.split('/')[-1]) if download: builder_utils.downloadDB(url, directory) with open(file_name, 'r', encoding='utf-8') as mf: first = True for line in mf: if first: first = False continue data = line.rstrip("\r\n").split("\t") if len(data) > 12: internal_id = data[0] pvariant= '_'.join(data[1].split(':')) effect = data[5] organism = data[10] interaction = data[11] evidence = data[12] if organism.startswith("9606"): matches = re.finditer(regex, interaction) for matchNum, match in enumerate(matches, start=1): interactor = match.group(1) relationships.add((pvariant, interactor, "CURATED_AFFECTS_INTERACTION_WITH", effect, interaction, evidence, internal_id, "Intact-MutationDs")) # builder_utils.remove_directory(directory) return (relationships, header, output_file_name) if __name__ == '__main__': databases_directory = './databases' relationships, header, output_file_name = parser(databases_directory, download=True) # 新建CSV文件并写入表头 with open(os.path.join('./databases/MutationDs', output_file_name), 'w', newline='', encoding='utf-8') as f: writer = csv.writer(f) writer.writerow(header) for item in relationships: writer.writerow(item) print("Data saved to {} successfully!".format('entities.csv'))

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