R语言 局部曼哈顿图

局部曼哈顿图是指在曼哈顿图的基础上，对感兴趣的区域进行放大展示，以更清晰地观察该区域的p值分布情况。在R语言中，可以使用“qqman”包中的函数“manhattan”来绘制曼哈顿图，使用“manhattanZoom”函数来绘制局部曼哈顿图。具体步骤如下：

1. 安装“qqman”包：install.packages("qqman")
2. 载入“qqman”包：library(qqman)
3. 使用“manhattan”函数绘制曼哈顿图：manhattan(data, col = c("blue4", "orange3"), suggestiveline = FALSE, genomewideline = FALSE)
其中，data为数据框，包含染色体、位置和p值等信息；col为颜色向量，用于指定不同染色体的颜色；suggestiveline和genomewideline分别为逻辑值，用于指定是否绘制建议线和全基因组显著性线。
4. 使用“manhattanZoom”函数绘制局部曼哈顿图：manhattanZoom(data, chr, start, end, col = c("blue4", "orange3"), suggestiveline = FALSE, genomewideline = FALSE)
其中，chr为感兴趣区域所在的染色体编号；start和end分别为感兴趣区域的起始位置和终止位置；其他参数与“manhattan”函数相同。