如何使用R读取单细胞gz数据

在R中，特别是使用Seurat包来处理单细胞基因表达数据时，读取gzipped的文本文件（如`barcodes.tsv.gz`和`features.tsv.gz`）通常涉及到解压缩并加载数据。以下是一个示例，展示如何操作：

1. 首先，安装必要的库，包括Seurat和`BiocManager`用于管理Bioconductor软件包：

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Seurat")

2. 使用`BiocFileCache`和`DelayedArray`从gz文件加载数据：

library(Seurat)
library(BiocFileCache)

# 定义缓存路径
bcache <- BiocFileCache("path/to/biocfilecache")

# 解压并读取barcodes.tsv.gz
barcodes <- DelayedArray::read.delim(bcache("barcodes.tsv.gz"), 
                                     stringsAsFactors = FALSE, 
                                     comment.char = "#")

# 解压并读取features.tsv.gz
features <- DelayedArray::read.delim(bcache("features.tsv.gz"), 
                                      stringsAsFactors = FALSE, 
                                      comment.char = "#")

3. 接下来，你可以使用这些变量来创建`Seurat`对象。假设你有一个与上述`matrix.mtx.gz`对应的`counts`矩阵：

# 假设counts位于另一个gz文件中
counts <- read.table(bcache("matrix.mtx.gz"), header = TRUE, row.names = 1)

# 创建Seurat对象
scRNA <- CreateSeuratObject(counts = counts, 
                             barcodes = barcodes, 
                             features = features)