class CellTrack_GNN(EedgePath_MPNN): def __init__(self, in_channels: int, hidden_channels: int, in_edge_channels: int, hidden_edge_channels_linear: int, hidden_edge_channels_conv: int, num_layers: int, num_nodes_features: int, dropout: float = 0.0, act: Optional[Callable] = ReLU(inplace=True), norm: Optional[torch.nn.Module] = None, jk: str = 'last', **kwargs): super().__init__(in_channels, hidden_channels, in_edge_channels, hidden_edge_channels_linear, num_layers, dropout, act, norm, jk) assert in_edge_channels == hidden_edge_channels_linear[-1] in_edge_dims = in_edge_channels + num_nodes_features * in_channels + 1 self.convs.append(PDNConv(in_channels, hidden_channels, in_edge_channels, hidden_edge_channels_conv, **kwargs)) self.fcs.append(MLP(in_edge_dims, hidden_edge_channels_linear, dropout_p=dropout)) for _ in range(1, num_layers): self.convs.append( PDNConv(hidden_channels, hidden_channels, in_edge_channels, hidden_edge_channels_conv, **kwargs)) self.fcs.append(MLP(in_edge_dims, hidden_edge_channels_linear, dropout_p=dropout))
时间: 2024-02-14 18:27:36 浏览: 74
这段代码定义了一个名为 `CellTrack_GNN` 的类,该类继承自 `EedgePath_MPNN` 类。它是一个图神经网络(Graph Neural Network,GNN)模型,用于细胞轨迹的跟踪任务。
在 `__init__` 方法中,定义了该模型的各个组件和参数:
- `in_channels` 和 `hidden_channels` 分别表示输入节点特征和隐藏层节点特征的维度。
- `in_edge_channels` 表示输入边特征的维度。
- `hidden_edge_channels_linear` 和 `hidden_edge_channels_conv` 分别表示线性层和卷积层的隐藏层边特征维度。
- `num_layers` 表示模型的层数。
- `num_nodes_features` 表示节点特征的数量(可能是多通道的)。
- `dropout` 表示 dropout 操作的概率。
- `act` 表示激活函数,默认为 ReLU。
- `norm` 表示节点特征归一化的方法,默认为 None。
- `jk` 表示节点特征聚合的方法,默认为 'last'。
在 `super().__init__` 中调用了父类的构造函数,初始化了父类中的一些参数。
然后通过循环,将 `PDNConv`(这可能是一个自定义的卷积层)和 `MLP`(多层感知机)添加到模型的层列表中。每个层都有相应的输入维度和隐藏层维度。其中,`PDNConv` 是用于节点特征更新的卷积层,`MLP` 是用于边特征更新的多层感知机。
这段代码实现了一个多层的 GNN 模型,用于细胞轨迹跟踪任务。每层都包括节点特征更新和边特征更新的操作。
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