decomp =[Recap.RecapDecompose(mol)for mol in mol_list] smiles = [] for dec in decomp:#'rdkit.Chem.Recap.RecapHierarchyNode'>值类型 smi =dec.GetAllChildren() smile =smi.keys() smiles.append(smile) results = [] for fragment in smiles: results.append([fragment]) df_results = pd.DataFrame(results,columns=['fragment']) with pd.ExcelWriter('D:\HBVdata\hbvrecap.xlsx') as writer: df_results.to_excel(writer, index=False)这段代码改进
时间: 2024-03-02 09:51:43 浏览: 16
根据您提供的代码,我可以提出以下改进建议:
1. 将代码分成多个函数,以提高可读性和可维护性。
2. 使用列表推导式简化代码,并使用enumerate函数记录迭代次数。
3. 使用with语句管理文件句柄,以确保文件在使用完毕后能够正确关闭。
4. 使用os.path.join函数代替硬编码路径,以提高代码的可移植性。
下面是改进后的代码示例:
```
import pandas as pd
import os
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Recap
def get_smiles(mol):
decomp = Recap.RecapDecompose(mol)
smiles = []
for dec in decomp:
smi = dec.GetAllChildren()
smile = smi.keys()
smiles.append(smile)
return smiles
def process_mols(mol_list):
results = []
for i, mol in enumerate(mol_list):
fragments = get_smiles(mol)
for fragment in fragments:
results.append([i, fragment])
return pd.DataFrame(results, columns=['index', 'fragment'])
def save_results(df, filepath):
with pd.ExcelWriter(filepath) as writer:
df.to_excel(writer, index=False)
if __name__ == '__main__':
mol_list = [Chem.MolFromSmiles('CCO'), Chem.MolFromSmiles('CCN')]
df_results = process_mols(mol_list)
filepath = os.path.join('D:', 'HBVdata', 'hbvrecap.xlsx')
save_results(df_results, filepath)
```
上述代码中,首先定义了一个名为get_smiles的函数,用于获取给定分子的SMILES字符串。然后,定义了一个名为process_mols的函数,用于处理给定分子列表,并将结果返回为一个DataFrame对象。最后,定义了一个名为save_results的函数,用于将DataFrame对象保存为Excel文件。
在__main__函数中,我们定义了一个mol_list列表,包含两个简单的分子,然后调用process_mols函数来处理这些分子。最后,我们调用save_results函数将结果保存到指定的Excel文件中。