df <- read.csv("/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage.csv") df <- subset(df, virus_name_N == "Viruses" | virus_name_X == "Viruses") df[is.na(df)] <- "NA" write.csv(df, "/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage_new.csv", row.names = FALSE)为什么输出了空表
时间: 2024-03-04 19:54:00 浏览: 21
可能是因为在使用`df[is.na(df)] <- "NA"`替换空缺值时,将整个数据框中所有的NA值都替换成了"NA"字符串,导致数据框中所有的值都变成了字符型,而原本是数值型的列也被转换成了字符型,这可能导致数据被保存时出现了问题。
你可以尝试修改代码,在替换空缺值时只针对需要替换的列进行替换,例如:
```R
df$column_name_N[is.na(df$column_name_N)] <- "NA"
df$column_name_X[is.na(df$column_name_X)] <- "NA"
```
其中,`column_name_N`和`column_name_X`分别为需要替换空缺值的列名,修改后的代码如下:
```R
df <- read.csv("/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage.csv")
df <- subset(df, virus_name_N == "Viruses" | virus_name_X == "Viruses")
df$column_name_N[is.na(df$column_name_N)] <- "NA"
df$column_name_X[is.na(df$column_name_X)] <- "NA"
write.csv(df, "/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage_new.csv", row.names = FALSE)
```
这样,你就可以得到正确的输出结果了。
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df <- read.csv("/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage.csv") df <- subset(df, virus_name_N == "Virus" | virus_name_X == "Virus") write.csv(df, "/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage_new.csv", row.names = FALSE) 输出为啥是个空表,改一下代码
可能是因为在使用 `subset()` 函数时,条件过滤出的数据集是空的,导致输出的结果也是空表。你可以再次检查一下数据集中是否存在符合条件的数据。
另外,由于你没有对空缺值进行处理,若数据集中存在空缺值,则在写入新的csv文件时可能会出现问题。
你可以尝试修改代码,如下所示:
```R
df <- read.csv("/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage.csv")
df <- subset(df, virus_name_N == "Virus" | virus_name_X == "Virus", na.action = "na.pass") # na.action参数用于指定对空缺值的处理方式,na.pass表示保留空缺值
df[is.na(df)] <- "NA" # 将空缺值替换为NA
write.csv(df, "/Users/imac/Desktop/left_join/blast_lineage_new.csv", row.names = FALSE)
```
这样,你就可以得到正确的输出结果了。
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/
引用\[1\]:现在是ncbi-blast-2.12.0+版本,下载网址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/。引用\[3\]:对于windows 2000/xp 用户,下载blast-2.2.18-ia32-win32.exe安装文件 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/blast-2.2.18-ia32-win32.exe。
问题: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/是什么?
回答: 抱歉,我没有找到提供的引用内容中关于ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/的信息。请注意,正确的网址是ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/。
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* [Alignment--本地blast使用详解1-数据库序列检索下载及比对](https://blog.csdn.net/qq_39859424/article/details/121575998)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
- *3* [Blast本地化:window平台下blast软件的安装](https://blog.csdn.net/likelet/article/details/7245364)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
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