使用“AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect”和“AllChem.GetHashedMorganFinger”命令获得分子指纹的相关代码。以及使用“AllChem.GetHashedAtomPairFingerprint”和“AllChem.GetHashed TopologicalTorsionFingerpriint”命令获得分子指纹的相关代码

时间: 2024-04-09 15:33:50 浏览: 18
以下是使用RDKit库中的相关函数获取分子指纹的代码示例: 使用AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect命令获取Morgan指纹: ```python from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem # 创建分子对象 mol = Chem.MolFromSmiles('CCO') # 计算Morgan指纹 fp = AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, 2) # 第二个参数是半径 # 打印指纹 print(fp) ``` 使用AllChem.GetHashedMorganFinger命令获取散列化的Morgan指纹: ```python from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem # 创建分子对象 mol = Chem.MolFromSmiles('CCO') # 计算散列化的Morgan指纹 fp = AllChem.GetHashedMorganFingerprint(mol, 2) # 第二个参数是半径 # 打印指纹 print(fp) ``` 使用AllChem.GetHashedAtomPairFingerprint命令获取散列化的原子对指纹: ```python from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem # 创建分子对象 mol = Chem.MolFromSmiles('CCO') # 计算散列化的原子对指纹 fp = AllChem.GetHashedAtomPairFingerprint(mol) # 打印指纹 print(fp) ``` 使用AllChem.GetHashedTopologicalTorsionFingerprint命令获取散列化的拓扑扭曲指纹: ```python from rdkit import Chem from rdkit.Chem import AllChem # 创建分子对象 mol = Chem.MolFromSmiles('CCO') # 计算散列化的拓扑扭曲指纹 fp = AllChem.GetHashedTopologicalTorsionFingerprint(mol) # 打印指纹 print(fp) ``` 以上代码示例演示了如何使用RDKit库中的相应函数计算不同类型的分子指纹。请注意,代码中的分子SMILES字符串和指纹参数可以根据实际需要进行更改。

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