使用“AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect”和“AllChem.GetHashedMorganFinger”命令获得分子指纹的相关代码。以及使用“AllChem.GetHashedAtomPairFingerprint”和“AllChem.GetHashed TopologicalTorsionFingerpriint”命令获得分子指纹的相关代码
时间: 2024-04-09 11:33:50 浏览: 213
以下是使用RDKit库中的相关函数获取分子指纹的代码示例:
使用AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect命令获取Morgan指纹:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
# 创建分子对象
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')
# 计算Morgan指纹
fp = AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, 2) # 第二个参数是半径
# 打印指纹
print(fp)
```
使用AllChem.GetHashedMorganFinger命令获取散列化的Morgan指纹:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
# 创建分子对象
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')
# 计算散列化的Morgan指纹
fp = AllChem.GetHashedMorganFingerprint(mol, 2) # 第二个参数是半径
# 打印指纹
print(fp)
```
使用AllChem.GetHashedAtomPairFingerprint命令获取散列化的原子对指纹:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
# 创建分子对象
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')
# 计算散列化的原子对指纹
fp = AllChem.GetHashedAtomPairFingerprint(mol)
# 打印指纹
print(fp)
```
使用AllChem.GetHashedTopologicalTorsionFingerprint命令获取散列化的拓扑扭曲指纹:
```python
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
# 创建分子对象
mol = Chem.MolFromSmiles('CCO')
# 计算散列化的拓扑扭曲指纹
fp = AllChem.GetHashedTopologicalTorsionFingerprint(mol)
# 打印指纹
print(fp)
```
以上代码示例演示了如何使用RDKit库中的相应函数计算不同类型的分子指纹。请注意,代码中的分子SMILES字符串和指纹参数可以根据实际需要进行更改。
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