fastQC用法，举几个例子

FastQC 是一种用于分析 Illumina 测序数据的快速质量控制工具。它可用于评估测序数据的质量、查看序列质量、检测测序前的污染和其他问题。以下是几个使用 FastQC 进行质量控制的示例：

1. 分析单个样本的 Illumina 测序数据

命令示例：fastqc -o output_dir input_file.fastq.gz

其中 output_dir 是输出目录，input_file.fastq.gz 是待分析的序列文件。运行该命令后，FastQC 将生成一个 HTML 报告，其中包含有关序列 reads、序列质量、序列污染等的详细信息。

2. 批量分析多个样本的 Illumina 测序数据

命令示例：for i in *.fastq.gz; do fastqc -o output_dir "$i"; done

该命令会批量分析当前目录中所有的 fastq.gz 格式的文件，生成相应的 FastQC 报告并保存到指定的输出目录。

3. 比较两个样本的 Illumina 测序数据

命令示例：fastqc -o output_dir -c sample1.fastq.gz sample2.fastq.gz

该命令将同时分析 sample1.fastq.gz 和 sample2.fastq.gz 两个样本的序列数据，并生成一份 FastQC 报告进行比较，以找出它们之间可能存在的差异和问题。

4. 校验 Illumina 测序数据的质量控制结果

命令示例：fastqc --nogroup -o output_dir -q -k 4 input_file.fastq.gz

该命令将根据 FastQC 报告中的质量控制结果，评估序列质量是否达到所需的标准。--nogroup 参数告诉 FastQC 不要将报告分组；-q 参数表示使用快速模式，-k 4 表示使用质量检查阈值为 4。运行该命令后，FastQC 将输出一份表格，其中包含每个样本的总体质量得分和各种质量指标的详细信息。