fastp质控双端测序数据循环脚本

fastp是一个快速且全面的测序数据质控工具，它支持双端测序数据的快速预处理，包括读取剪切、质量控制、测序适配器去除等功能。编写一个循环脚本来自动处理多个样本的双端测序数据，可以提高实验流程的效率和准确性。

一个简单的fastp循环脚本示例如下：

#!/bin/bash

# 定义输入数据所在的目录，这里假设所有的FASTQ文件都在这个目录下
input_dir="/path/to/input/data"

# 定义输出数据所在的目录
output_dir="/path/to/output/data"

# 获取所有双端测序数据的文件名，假设文件命名符合一定的规律，比如：
# sample1_R1.fastq.gz 和 sample1_R2.fastq.gz
# 其中R1和R2分别代表Read1和Read2
for file in ${input_dir}/*.fastq.gz; do
  # 提取样本名
  sample_name=$(basename $file "_R1.fastq.gz")
  
  # 执行fastp，这里可以根据实际情况调整参数
  fastp -i ${input_dir}/${sample_name}_R1.fastq.gz \
        -I ${input_dir}/${sample_name}_R2.fastq.gz \
        -o ${output_dir}/${sample_name}_R1.fastp.fastq.gz \
        -O ${output_dir}/${sample_name}_R2.fastp.fastq.gz \
        --json ${output_dir}/${sample_name}.fastp.json \
        --html ${output_dir}/${sample_name}.fastp.html \
        -h ${output_dir}/${sample_name}.fastp.html
done

这个脚本会遍历输入目录下的所有`.fastq.gz`文件，并假设每个样本都有对应的`R1`和`R2`双端文件。对于每个样本，脚本会调用fastp工具来处理数据，并将质控后的数据输出到指定的目录。`--json`和`--html`参数会生成质控报告的JSON和HTML格式文件，方便后续的数据质量分析。

在使用这个脚本之前，请确保：
1. 输入目录和输出目录的路径是正确的。
2. 所有的测序文件名都有相同的命名规则，或者脚本需要根据实际情况进行相应的修改。
3. fastp工具已经安装在执行脚本的环境中，并且其路径已经添加到系统的PATH环境变量中。