分别使用session，application和文件存储方式实现网站计数器功能。

1. 使用session存储方式实现网站计数器功能：

<?php
session_start();
if(!isset($_SESSION['counter'])){
    $_SESSION['counter'] = 1;
}else{
    $_SESSION['counter']++;
}
echo "您是第".$_SESSION['counter']."次访问本网站！";
?>

2. 使用application存储方式实现网站计数器功能：

<?php
session_start();
if(!isset($_SESSION['counter'])){
    $_SESSION['counter'] = 1;
    $_SESSION['app_counter'] = 1;
}else{
    $_SESSION['counter']++;
    $_SESSION['app_counter']++;
}
echo "您是第".$_SESSION['counter']."次访问本网站！";
echo "网站总访问量为".$_SESSION['app_counter']."次！";
?>

3. 使用文件存储方式实现网站计数器功能：

<?php
$filename = "counter.txt";
if(file_exists($filename)){
    $counter = file_get_contents($filename);
    $counter++;
    file_put_contents($filename, $counter);
}else{
    $counter = 1;
    file_put_contents($filename, $counter);
}
echo "您是第".$counter."次访问本网站！";
?>

在以上三种存储方式中，session和application存储方式是在服务器端存储，而文件存储方式则是在文件中进行存储。其中，session和application存储方式比较适合小型网站，而文件存储方式则适合中小型网站。