为了获得原生rs-fMRI数据空间皮层区域的mask,如何用spm12将T1配准到rs-fMRI并共同配准到MNI-152空间,之后再返回到原始rs-fMRI空间
时间: 2024-01-08 11:01:52 浏览: 30
下面是使用SPM12将T1配准到rs-fMRI并共同配准到MNI-152标准空间,然后再返回到原始rs-fMRI空间的步骤:
1. 打开SPM12软件,点击菜单栏中的"Batch",选择"New batch",打开Batch Editor界面。
2. 在Batch Editor界面中,点击左侧的"SPM",在右侧的"SPM"中找到"Coregister: Estimate"和"Normalise: Estimate & Write"两个模块,将它们拖动到Batch Editor界面中。
3. 将要配准的T1图像和rs-fMRI图像分别拖动到"Coregister: Estimate"模块和"Normalise: Estimate & Write"模块的对应位置中。注意,rs-fMRI图像需要选择一个时间点。
4. 在"Coregister: Estimate"模块中,设置"Reference Image"为rs-fMRI图像,设置"Source Image"为T1图像,勾选"Reslice"和"Write Interpolated Images"选项。
5. 在"Normalise: Estimate & Write"模块中,设置"Image to Align"为T1图像,设置"Template Image"为MNI152_T1_2mm.nii图像,勾选"Write Normalised Only"和"Write Deformation Fields"选项。
6. 点击菜单栏中的"Save",保存Batch Editor中的操作为一个.mat文件。
7. 点击Batch Editor界面中的"Run"按钮,运行Batch Editor中的操作。
8. 当Batch Editor运行完毕后,会在T1图像所在文件夹中生成一个以"r"开头的图像文件,表示T1图像经过了与rs-fMRI图像的配准。同时,也会在T1图像所在文件夹中生成一个以"w"开头的图像文件,表示T1图像经过了与MNI-152空间的配准。
9. 将得到的MNI-152空间的T1图像与所选时间点的rs-fMRI图像一起打开,使用"Coregister: Reslice"模块将MNI-152空间的T1图像与所选时间点的rs-fMRI图像配准到同一空间。
10. 使用"Segment"模块将MNI-152空间的T1图像分割成灰质、白质和CSF三个组织类型的概率图像。
11. 使用"Smooth"模块对灰质概率图像进行平滑处理。
12. 使用"Threshold"模块将平滑后的灰质概率图像二值化,生成皮层区域的mask。
13. 使用"Apply Deformation"模块将mask从MNI-152空间映射回原始rs-fMRI空间。
以上是使用SPM12将T1配准到rs-fMRI并共同配准到MNI-152标准空间,然后再返回到原始rs-fMRI空间的步骤,希望可以对你有所帮助。