sra批量转化为fastq

SRA (Sequence Read Archive) 是一种存储生物序列数据的标准格式，而 FASTQ 是一种常用的高精度测序读取文件格式。当你需要将 SRA 数据转换为 FASTQ 格式以便进一步分析比对时，可以按照以下步骤操作：

1. **下载SRA数据**：首先，从 NCBI 的 SRA 网站（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/）检索并下载你需要的实验项目，通常会得到.sra 文件。

2. **使用工具进行转换**：许多工具可以完成这个任务，如 `fastq-dump`（来自ena-utils包）、` prefetch`（NCBI提供的命令行工具）或者 `sra-tools`。例如，如果你使用的是 `fastq-dump`：

   fastq-dump --split-files --gzip input.sra

这里 `--split-files` 表示生成单端或双端的 FASTQ 文件，`--gzip` 表示压缩输出。

3. **检查结果**：转换完成后，你会得到一组.gzipped的 FASTQ 文件，通常每个样品会有两份，一份对应于前向读，另一份对应于反向读（对于双端测序）。