fastq-dump多线程
时间: 2023-10-06 18:06:55 浏览: 91
fastq-dump是一个用于从SRA文件中提取测序数据的工具。根据引用\[1\]中的描述,fastq-dump默认情况下是单线程运行的,但可以通过指定参数来启用多线程。然而,根据引用\[2\]中的测试结果,尽管fasterq-dump指定了20个线程,但实际上平均只使用了11.5个线程。因此,fastq-dump在多线程方面的性能表现可能不如预期。
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* *3* [都8102年了,还用fastq-dump,快换fasterq-dump吧](https://blog.csdn.net/weixin_33691700/article/details/89616505)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
[ .reference_list ]
相关问题
fastq-dump.2.8.0 err: item not found while constructing within virtual database module - the path 'SRR24827192.fastq.gz' cannot be opened as database or table
这个错误通常意味着 `fastq-dump` 无法找到指定的文件或目录。可能有以下几种原因导致该错误:
1. 文件路径错误:请确保你提供的文件路径是正确的,并且文件存在于该路径下。你可以使用绝对路径或相对路径来指定文件。
2. 文件权限不足:请确保你对该文件具有读取权限。你可以尝试使用 `ls -l` 命令来查看文件的权限,并使用 `chmod` 命令来更改文件的权限。
3. 文件损坏或缺失:如果文件被损坏或缺失,`fastq-dump` 将无法打开它。请确保文件没有被意外地删除或损坏。
如果你确定文件路径和权限都是正确的,但仍然遇到这个错误,请提供更多详细信息,例如完整的命令和错误输出,以便我可以更好地帮助你解决问题。
Error, not recognizing read name formatting: [S250028145L1C001R00100001196] If your data come from SRA, be sure to dump the fastq file like so: SRA_TOOLKIT/fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files file.sra Error, cmd: seqtk-trinity seq -A <(gunzip -c /home/DuYD/PRACTICE/002_Hisat2/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149.fq.gz) >> single.fa died with ret 512 at /home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/opt/trinity-2.8.5/util/insilico_read_normalization.pl line 788. Error, cmd: /home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/opt/trinity-2.8.5/util/insilico_read_normalization.pl --seqType fq --JM 100G --max_cov 200 --min_cov 1 --CPU 8 --output /home/DuYD/PRACTICE/003_Trinity/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149/trinity_out_dir/insilico_read_normalization --max_CV 10000 --single /home/DuYD/PRACTICE/002_Hisat2/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149_UDB-149.fq.gz died with ret 512 at /home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/bin/Trinity line 2745. main::process_cmd("/home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/opt/trinity-2.8.5/util/insi"...) called at /home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/bin/Trinity line 3295 main::normalize("/home/DuYD/PRACTICE/003_Trinity/QL21JS702620-AD-1D-1L-UDB-149"..., 200, ARRAY(0x561ef13331e0)) called at /home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/bin/Trinity line 3238 main::run_normalization(200, ARRAY(0x561ef13331e0)) called at /home/DuYD/anaconda3/envs/Trinity/bin/Trinity line 1355这个报错是怎么回事
这是一个报错信息,意思是在运行 Trinity 软件时出现了问题。具体来说,它告诉我们:
1. 出现了一个不可识别的读名格式错误,读名为 `[S250028145L1C001R00100001196]`;
2. 建议如果数据来自 SRA 数据库,需要使用 SRA Toolkit 中的 `fastq-dump` 工具,命令为 `SRA_TOOLKIT/fastq-dump --defline-seq '@$sn[_$rn]/$ri' --split-files file.sra`;
3. 提供了两个命令行报错信息,分别是 `seqtk-trinity seq -A` 和 `insilico_read_normalization.pl`;
4. `seqtk-trinity seq -A` 命令行报错可能是由于读名格式错误导致;
5. `insilico_read_normalization.pl` 命令行报错可能是由于内存不足或参数设置错误导致。
要解决这个问题,可以尝试重新处理数据的读名格式,或者按照建议使用 `fastq-dump` 工具重新生成 fastq 文件。同时,也可以尝试调整参数,如增加系统可用的内存资源、减小 `--max_cov` 参数的值等。
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