Error in read.table(file = file, header = header, sep = sep, quote = quote, : unused argument (rownames = 1)

这个错误通常是因为在读取数据时使用了 "rownames" 参数，但是这个参数在 read.table() 函数中是没有定义的。可以尝试将 "rownames" 参数移除，或者使用其他适当的参数来读取数据。如果你需要在读取数据时自定义行名，可以在读取数据后使用 rownames() 函数来设置。例如：

# 读取数据
data <- read.table("data.txt", header = TRUE, sep = "\t")

# 设置行名
rownames(data) <- c("row1", "row2", "row3", ...)

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Error in grDevices::pdf(file = filename, ..., version = version) : unused argument (theme = list(list()))

这个错误通常是由于在使用`ggsave()`函数保存图形时，将`theme`参数用了一个空的列表，即`theme = list(list())`，导致出现了无效参数的错误。解决方法是将`theme`参数设为空值即可，即`theme = NULL`。具体操作如下：

library(ggplot2)
# 创建一个示例数据集
data <- data.frame(x = c(1,2,3), y = c(2,3,4))

# 绘制散点图
p <- ggplot(data, aes(x, y)) +
  geom_point() + 
  theme(panel.border = element_blank(),
        panel.grid.major = element_blank(),
        panel.grid.minor = element_blank(),
        axis.line = element_line(colour = "black"))

# 保存图形并去除边框
ggsave("plot.pdf", plot = p, width = 6, height = 4, dpi = 300, theme = NULL)

在`ggsave()`函数中，`theme`参数设置为空值即可。

Error in read.xlsx(file = "C:\\Users\\93626\\Desktop\\MEL.xlsx") : unused argument (file = "C:\\Users\\93626\\Desktop\\MEL.xlsx")

非常抱歉，前面给出的代码中使用了错误的函数。对于读取 `.xlsx` 格式的文件，应该使用 `read.xlsx()` 函数而不是 `read_excel()` 函数。以下是示例代码：

# 导入openxlsx包
library(openxlsx)

# 读取xlsx文件
data <- read.xlsx("路径/文件名.xlsx")

# 查看数据
head(data)

请确保你已经安装了 `openxlsx` 包，如果没有安装，可以通过以下命令来安装：

install.packages("openxlsx")

这将会安装 `openxlsx` 包，并使其可用于读取 `.xlsx` 文件。同样，请将 `"路径/文件名.xlsx"` 替换为你要读取的实际文件路径和文件名。

如果你仍然遇到问题，请确保提供的路径和文件名是正确的，并且文件实际存在于指定路径中。如果问题仍然存在，请提供更多的错误信息以便更好地帮助你解决问题。