D:\CTKmaster\SuperBuild.cmake:47: error: Flow control statements are not properly nested. CMakeLists.txt:968 (include)

根据你提供的错误信息，这个错误是由于在CMakeLists.txt文件的第968行中使用了`include`语句，而在D:\CTKmaster\SuperBuild.cmake文件的第47行中出现了流程控制语句没有正确嵌套的问题。

这个错误通常是由于CMake脚本中的条件语句、循环语句或函数调用没有正确关闭导致的。请检查你的CMakeLists.txt文件，确保在使用流程控制语句时，所有的开始和结束标记都是成对出现的，且正确嵌套。

在这种情况下，特别注意CMakeLists.txt文件中第968行的`include`语句周围是否有缺少相应的开始或结束标记，或者是否存在其他未正确嵌套的流程控制语句。你可能需要仔细检查代码并修复这个问题。

如果你需要更具体的帮助，请提供相关的CMakeLists.txt代码，我会尽力帮助你解决问题。