RNA-seq项目中log2(ratios)折线图

折线图是RNA-seq中常用的一种可视化方式，用于展示不同条件下基因表达水平的变化趋势。log2(ratios)又称为基因表达量的对数比值，是RNA-seq数据中常用的数据转换方式，可用于纠正样本间的技术变异和探测基因表达的小变化。

制作log2(ratios)折线图的具体步骤如下：

1. 提取RNA-seq数据中的基因表达量（RPKM、TPM等）或基因计数（counts）数据。

2. 对每个样本进行标准化，例如使用TMM、FPKM-RPKM差异法等方法。

3. 计算每个基因在不同条件下的表达水平对数比值，例如对照组与实验组，log2(ratio)=log2(实验组表达量/对照组表达量)。

4. 使用折线图展示每个基因在不同条件下的log2(ratios)，可以用R语言的ggplot2包制作。

下面是用R语言的ggplot2包制作log2(ratios)折线图的示例代码：

library(ggplot2)

# 读入数据
data <- read.table("gene_expression.txt", header=T)

# 按条件分组
group <- factor(data$group)

# 计算log2(ratio)
data$log2_ratio <- log2(data$expt/data$ctrl)

# 绘制折线图
ggplot(data, aes(x=condition, y=log2_ratio, group=gene, color=gene)) +
  geom_line() +
  theme_bw() +
  xlab("Condition") +
  ylab("Log2 ratio") +
  labs(color="Gene")

其中，“gene_expression.txt”为RNA-seq数据文件，包含基因表达量、分组信息等。该代码将折线图按条件分组，每条折线代表一个基因的log2(ratios)，不同颜色的线条表示不同的基因。