LiTS2017数据集的路径为C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017,将数据集的3D图像在z轴上切割成2D的三通道png格式图像,数据集的3D标签在z轴上切割成(要求背景灰度值0、肝脏灰度值1、肝脏肿瘤灰度值2的)2D的png格式标签。,LiTS2017数据集里面包含Training Batch 1和Training Batch 2两个文件夹,Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii,保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017,请帮我创建好对应文件夹,并且将转换好的保存到对应的文件夹
时间: 2024-01-22 17:18:21 浏览: 64
好的,以下是Python代码实现:
```python
import os
import nibabel as nib
import numpy as np
from PIL import Image
# 读取nii文件,并转换为numpy数组
def read_nii_file(file_path):
nii_img = nib.load(file_path)
img = nii_img.get_fdata()
return img
# 将3D图像在z轴上切割成2D的三通道png格式图像
def save_2d_image(img, save_path):
if not os.path.exists(save_path):
os.makedirs(save_path)
# 获取图像的长、宽、深度
height, width, depth = img.shape
# 遍历每一张切片
for i in range(depth):
# 将每一张切片转换为PIL Image对象
slice_img = Image.fromarray(img[:, :, i])
# 将灰度图像转换为三通道图像
slice_img = slice_img.convert('RGB')
# 保存为png格式图像
slice_img.save(os.path.join(save_path, f'{i:03d}.png'))
# 将3D标签在z轴上切割成2D的png格式标签
def save_2d_label(label, save_path):
if not os.path.exists(save_path):
os.makedirs(save_path)
# 获取标签的长、宽、深度
height, width, depth = label.shape
# 遍历每一张切片
for i in range(depth):
# 将每一张切片保存为png格式标签
slice_label = Image.fromarray(label[:, :, i])
slice_label.save(os.path.join(save_path, f'{i:03d}.png'))
# 数据集路径和保存路径
data_path = r'C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017'
save_path = r'C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017'
# 遍历Training Batch 1文件夹中的所有图像
for file_name in os.listdir(os.path.join(data_path, 'training_data')):
if file_name.endswith('.nii'):
# 读取图像并保存为2D的三通道png格式图像
img_path = os.path.join(data_path, 'training_data', file_name)
img = read_nii_file(img_path)
img_name = os.path.splitext(file_name)[0]
save_2d_image(img, os.path.join(save_path, img_name))
# 遍历Training Batch 2文件夹中的所有标签
for file_name in os.listdir(os.path.join(data_path, 'training_labels')):
if file_name.endswith('.nii'):
# 读取标签并保存为2D的png格式标签
label_path = os.path.join(data_path, 'training_labels', file_name)
label = read_nii_file(label_path)
label_name = os.path.splitext(file_name)[0]
# 将背景灰度值0、肝脏灰度值1、肝脏肿瘤灰度值2的标签映射到0、1、2
label[label == 0] = 0
label[label == 1] = 1
label[label == 2] = 2
save_2d_label(label, os.path.join(save_path, label_name))
```
该代码会将Training Batch 1中的图像保存为2D的三通道png格式图像,将Training Batch 2中的标签保存为2D的png格式标签,并且将标签中的背景灰度值0、肝脏灰度值1、肝脏肿瘤灰度值2映射到0、1、2。保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017。
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