LiTS2017数据集的路径为C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017,将数据集的3D图像在z轴上切割成2D的三通道png格式图像,数据集的3D标签在z轴上切割成(要求背景灰度值0、肝脏灰度值1、肝脏肿瘤灰度值2的)2D的png格式标签。,LiTS2017数据集里面包含Training Batch 1和Training Batch 2两个文件夹,Training Batch 1文件夹里面有图像,图像的拓展名为.nii。Training Batch 2文件夹里面有标签,标签拓展名为.nii,保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017,请帮我创建好对应文件夹,并且将转换好的保存到对应的文件夹

时间: 2024-01-22 18:18:21 浏览: 21
好的,以下是Python代码实现: ```python import os import nibabel as nib import numpy as np from PIL import Image # 读取nii文件,并转换为numpy数组 def read_nii_file(file_path): nii_img = nib.load(file_path) img = nii_img.get_fdata() return img # 将3D图像在z轴上切割成2D的三通道png格式图像 def save_2d_image(img, save_path): if not os.path.exists(save_path): os.makedirs(save_path) # 获取图像的长、宽、深度 height, width, depth = img.shape # 遍历每一张切片 for i in range(depth): # 将每一张切片转换为PIL Image对象 slice_img = Image.fromarray(img[:, :, i]) # 将灰度图像转换为三通道图像 slice_img = slice_img.convert('RGB') # 保存为png格式图像 slice_img.save(os.path.join(save_path, f'{i:03d}.png')) # 将3D标签在z轴上切割成2D的png格式标签 def save_2d_label(label, save_path): if not os.path.exists(save_path): os.makedirs(save_path) # 获取标签的长、宽、深度 height, width, depth = label.shape # 遍历每一张切片 for i in range(depth): # 将每一张切片保存为png格式标签 slice_label = Image.fromarray(label[:, :, i]) slice_label.save(os.path.join(save_path, f'{i:03d}.png')) # 数据集路径和保存路径 data_path = r'C:\Users\Administrator\Desktop\LiTS2017' save_path = r'C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017' # 遍历Training Batch 1文件夹中的所有图像 for file_name in os.listdir(os.path.join(data_path, 'training_data')): if file_name.endswith('.nii'): # 读取图像并保存为2D的三通道png格式图像 img_path = os.path.join(data_path, 'training_data', file_name) img = read_nii_file(img_path) img_name = os.path.splitext(file_name)[0] save_2d_image(img, os.path.join(save_path, img_name)) # 遍历Training Batch 2文件夹中的所有标签 for file_name in os.listdir(os.path.join(data_path, 'training_labels')): if file_name.endswith('.nii'): # 读取标签并保存为2D的png格式标签 label_path = os.path.join(data_path, 'training_labels', file_name) label = read_nii_file(label_path) label_name = os.path.splitext(file_name)[0] # 将背景灰度值0、肝脏灰度值1、肝脏肿瘤灰度值2的标签映射到0、1、2 label[label == 0] = 0 label[label == 1] = 1 label[label == 2] = 2 save_2d_label(label, os.path.join(save_path, label_name)) ``` 该代码会将Training Batch 1中的图像保存为2D的三通道png格式图像,将Training Batch 2中的标签保存为2D的png格式标签,并且将标签中的背景灰度值0、肝脏灰度值1、肝脏肿瘤灰度值2映射到0、1、2。保存路径为C:\Users\Administrator\Desktop\2D-LiTS2017。

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