python进行系统聚类

在Python中进行系统聚类可以使用`scipy`库中的`hierarchy`模块。下面是一个简单的例子：

import numpy as np
from scipy.cluster import hierarchy
from matplotlib import pyplot as plt

# 生成随机数据，10个样本，每个样本5个特征
np.random.seed(1)
X = np.random.random((10, 5))

# 进行层次聚类
Z = hierarchy.linkage(X, method='ward')

# 绘制聚类树
plt.figure()
dn = hierarchy.dendrogram(Z)
plt.show()

在这个例子中，我们首先生成了一个随机数据矩阵`X`，其中有10个样本，每个样本有5个特征。然后，我们使用`hierarchy.linkage`函数进行层次聚类，其中参数`method='ward'`表示使用Ward方差最小化算法进行聚类。最后，我们使用`hierarchy.dendrogram`函数绘制聚类树。

绘制结果如下图所示：


在聚类树中，每个叶子节点代表一个样本，每个中间节点代表一个聚类。节点的高度表示聚类之间的距离，越高表示距离越远，聚类之间的相似度越低。通过这个聚类树，我们可以选择一个合适的阈值，将聚类结果划分为不同的簇。