my_palette <- colorRampPalette(c("#c6ffdd","#fbd786","#f7797d"))(38)报错
时间: 2023-11-03 07:04:32 浏览: 110
这个报错可能是因为你的 R 版本较老,colorRampPalette() 函数需要的参数在旧版本中可能不支持。你可以尝试更新 R 版本或者改用其他函数来生成颜色梯度,比如 rainbow() 或者 heat.colors()。同时,你也要确保你的参数输入正确,比如 colorRampPalette() 函数需要的参数是一个包含颜色编码的向量。
相关问题
R版本4.23.导入数据集 my_data <- read.csv(file="D:/5放射诊断/R生存分析/nafld.csv"),,时间是time,事件是MACE,依据NAFLD进行分类,绘制生存曲线
好的,我会解答您的问题。首先,您可以按照以下步骤导入数据集并绘制生存曲线:
1. 导入必要的库
```R
library(survival)
library(survminer)
```
2. 读取数据集
```R
my_data <- read.csv(file="D:/5放射诊断/R生存分析/nafld.csv")
```
3. 对数据集进行处理,将NAFLD进行分类
```R
# 将NAFLD分类为有和无两类
my_data$NAFLD <- ifelse(my_data$NAFLD == "Yes", "有", "无")
```
4. 创建生存对象
```R
# 创建生存对象
my_surv <- Surv(time = my_data$time, event = my_data$MACE)
```
5. 绘制生存曲线
```R
# 绘制生存曲线
ggsurvplot(survfit(my_surv ~ NAFLD, data = my_data),
data = my_data,
pval = TRUE,
conf.int = TRUE,
risk.table = TRUE,
palette = "jco",
legend.title = "NAFLD",
xlab = "Time",
ylab = "Survival Probability",
ggtheme = theme_gray())
```
以上就是绘制生存曲线的完整步骤,您可以根据您的具体需求对图形进行一些自定义的调整。希望对您有所帮助!
p值保留3位小数library(survival) library(survminer) my_data <- read.csv(file="D:/SCI/新建文件夹/原始数据- K-M-1 -0.75.csv") my_surv <- Surv(time = my_data$interval, event = my_data$MACE) ggsurvplot(survfit(my_surv ~CACS.grade, data = my_data), data = my_data, legend.title = "CACs",# 改变图例名称 legend.labs = c("0", "0<CACs≤10", "10<CACs≤100","100<CACs≤400", ">400"), # 改变图例标签 xlab = "Months", # 设置x轴标签 ylab = "Survival Probability",# 设置y轴标签 pval = TRUE,# 在图上添加log rank检验的p值 pval.size = 3, censor.shape = 124,censor.size = 2, #conf.int = TRUE, #置信区间 risk.table = TRUE,# 在图下方添加风险表 tables.height = 0.2, tables.theme = theme_cleantable(), risk.table.col = "strata",# 根据数据分组为风险表添加颜色 linetype = "strata",# 改变不同组别的生存曲线的线型 #surv.median.line = "hv", # 标注出中位生存时间 #palette = c("blue", "darkred"),# 图形颜色风格 break.time.by = 10,# 将x轴按照间隔进行切分 risk.table.y.text.col = TRUE, # 设置风险表的文字颜色 risk.table.y.text = FALSE, # 以条柱展示风险表的标签,而非文字 #ncensor.plot = TRUE, # 展示随访过程中不同时间点死亡和删失的情况 main = "Survival curve", font.main = c(16, "bold", "darkblue"), font.x = c(14, "bold.italic", "black"), font.y = c(14, "bold.italic", "black")) summary(my_surv)
这段代码使用了R语言中的survival和survminer库来进行生存分析。首先,它从CSV文件中读取了数据,并创建了一个Surv对象来表示生存时间和事件信息。然后,它使用ggsurvplot函数绘制了生存曲线图,并进行了一些定制化的设置。
在绘制的生存曲线图中,x轴表示时间(以月为单位),y轴表示生存概率。曲线根据CACS.grade变量分组,每个组别对应不同的生存曲线。图例中显示了不同组别的标签,风险表显示了每个组别的风险情况。
此外,代码还设置了显示log rank检验的p值,并调整了其他一些图形和文字的属性。
最后,代码使用summary函数对Surv对象进行了汇总。
阅读全文