我有一个contigs文件（含有contigs名及序列信息）和一个paired reads文件，请书写一段代码帮我完成以下任务：根据contigs文件，将paired reads文件中的短reads回贴（mapping），并将成功回贴的reads1文件导出为一个文件

你可以使用Bowtie2工具来进行contigs的mapping。首先，需要先构建Bowtie2的索引文件，然后使用Bowtie2的`--end-to-end`模式进行mapping，最后从mapping结果中提取成功回贴的reads1并导出为一个文件。以下是一个示例代码：

# 构建Bowtie2索引文件（假设contigs文件名为contigs.fa）
bowtie2-build contigs.fa contigs_index

# 进行mapping（假设paired reads文件名为reads.fq）
bowtie2 --end-to-end -x contigs_index -1 reads.fq -2 reads.fq -S mapping.sam

# 提取成功回贴的reads1并导出为一个文件
samtools view -h -f 0x40 mapping.sam | awk '$2 == 99 || $2 == 147 {print "@"$1"\n"$10"\n+\n"$11}' > mapped_reads1.fastq

请将上述代码中的"contigs.fa"替换成你的contigs文件名，"reads.fq"替换成你的paired reads文件名。这个代码会先构建Bowtie2的索引文件，然后进行mapping，最后通过samtools和awk命令提取成功回贴的reads1并导出为一个fastq格式的文件。确保你已经安装了Bowtie2和samtools，并将其添加到了系统的环境变量中。