for file in /home/zhaozhimiao/db/ncbi-genomes *.fna; do ^ SyntaxError: invalid syntax怎么修改
时间: 2024-05-15 08:13:56 浏览: 23
这个错误提示可能是因为该语句不在交互式 Python 环境中执行。这是一个 Bash 脚本语句,应该在命令行中执行。
你可以在命令行中打开 Bash,然后执行该语句。或者将该语句保存到一个文件中,例如 `script.sh`,然后在命令行中输入 `bash script.sh` 执行它。
如果你要在 Python 中执行类似的操作,可以使用 `os` 模块来执行类似的 Bash 命令,例如:
```python
import os
for file in os.listdir('/home/zhaozhimiao/db/ncbi-genomes'):
if file.endswith('.fna'):
filepath = os.path.join('/home/zhaozhimiao/db/ncbi-genomes', file)
# Do something with filepath
```
相关问题
ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/
引用\[1\]:现在是ncbi-blast-2.12.0+版本,下载网址:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/。引用\[3\]:对于windows 2000/xp 用户,下载blast-2.2.18-ia32-win32.exe安装文件 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/blast-2.2.18-ia32-win32.exe。
问题: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/是什么?
回答: 抱歉,我没有找到提供的引用内容中关于ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/的信息。请注意,正确的网址是ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/LATEST/。
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* [Alignment--本地blast使用详解1-数据库序列检索下载及比对](https://blog.csdn.net/qq_39859424/article/details/121575998)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
- *3* [Blast本地化:window平台下blast软件的安装](https://blog.csdn.net/likelet/article/details/7245364)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^control_2,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
[ .reference_list ]
blastp -query querry.fasta -db parv -out blast_outdir -evalue 1e-10 BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [parv] in search path [/mnt/hgfs/H/DATA/Parvularcula_ncbi_dataset:/var/lib/blastdb:]
根据您提供的信息,这个错误提示是因为您要查询的数据库(parv)在 BLAST 的搜索路径中没有找到相应的别名或索引文件。您需要确保数据库已经正确安装,并且已经构建了相应的别名和索引文件。
您可以尝试以下步骤来解决这个问题:
1. 确认您已经正确安装了数据库parv,并且已经将其放在BLAST搜索路径中。您可以使用以下命令来检查您的搜索路径:
```
echo $BLASTDB
```
2. 如果您已经正确安装了数据库parv,并且已经将其放在BLAST搜索路径中,但是仍然出现错误,请尝试重新构建alias和索引文件。您可以使用以下命令来构建:
```
makeblastdb -in parv.fasta -dbtype prot -out parv
```
其中,parv.fasta是您的数据库文件,-dbtype指定数据库类型,-out指定输出文件名。
3. 如果您已经重新构建了alias和索引文件,但是仍然出现错误,请尝试检查您的文件路径是否正确,或者尝试重新下载数据库文件并重复步骤2。
希望这些步骤可以帮助您解决问题。
相关推荐
![zip](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083736.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)