import requests with open('PRRSV.txt','r') as f: file_names = f.readlines() for file_name in file_names: file_name = file_name.strip() url = f"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/{file_name}/{file_name}_genomic.gbff" response = requests.get(url) with open(f'{file_name}.gbff', 'wb') as f: f.write(response.content)
时间: 2024-04-27 21:22:12 浏览: 10
这段代码看起来像是使用Python的requests库和urllib库来下载gbff文件。代码的功能是从NCBI网站下载多个gbff文件,并将它们保存到本地。其中,文件名列表保存在PRRSV.txt文件中,每个文件名占一行。
代码的具体功能如下:
1. 使用Python的open()函数打开PRRSV.txt文件,并将文件中的所有行读取到一个列表中。
2. 遍历文件名列表,去掉每个文件名中的换行符,并构造NCBI网站的下载链接。
3. 使用Python的requests库向NCBI网站发送下载请求,并获取文件内容。
4. 将下载的文件内容保存到本地,文件名为原文件名加上".gbff"后缀。
需要注意的是,这段代码没有实现一个一个下载的功能,而是同时下载多个文件。如果您需要一个一个下载文件,可以将代码中的循环改为递归调用或者使用其他方式实现。
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改进代码import requests with open('PRRSV.txt','r') as f: file_names = f.readlines() for file_name in file_names: file_name = file_name.strip() url = f"ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/all/{file_name}/{file_name}_genomic.gbff.gz" response = requests.get(url) with open(f'{file_name}.gbff.gz', 'wb') as f: f.write(response.content)
你的代码似乎是从NCBI下载一些基因组数据文件,然后保存到本地。如果你想改进代码,可以考虑以下几点:
1. 引入异常处理机制,以应对可能出现的网络连接异常、文件读写异常等情况。
2. 使用多线程或异步IO等技术,以提高下载的效率。
3. 将文件的下载和保存分开,以便于维护和修改。
4. 添加一些日志记录,以便于排查问题和追踪程序的执行情况。
下面是一个可能的改进版本的代码示例,供你参考:
```python
import os
import logging
import requests
import concurrent.futures
# 设置日志记录器
logger = logging.getLogger(__name__)
logger.setLevel(logging.DEBUG)
formatter = logging.Formatter('%(asctime)s - %(levelname)s - %(message)s')
sh = logging.StreamHandler()
sh.setLevel(logging.DEBUG)
sh.setFormatter(formatter)
logger.addHandler(sh)
# 设置下载目录和线程数
DOWNLOAD_DIR = 'genomes'
THREADS = 4
# 下载文件的函数
def download_file(url, file_path):
try:
logger.debug(f"downloading {url}")
response = requests.get(url, stream=True)
response.raise_for_status()
with open(file_path, 'wb') as f:
for chunk in response.iter_content(chunk_size=1024):
f.write(chunk)
logger.debug(f"downloaded {file_path}")
except Exception as e:
logger.error(f"failed to download {url}: {e}")
# 下载文件列表中的所有文件
def download_files(file_list):
with concurrent.futures.ThreadPoolExecutor(max_workers=THREADS) as executor:
futures = []
for file_name in file_list:
file_name = file_name.strip()
url = f"ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/all/{file_name}/{file_name}_genomic.gbff.gz"
file_path = os.path.join(DOWNLOAD_DIR, f"{file_name}.gbff.gz")
os.makedirs(os.path.dirname(file_path), exist_ok=True)
futures.append(executor.submit(download_file, url, file_path))
for future in concurrent.futures.as_completed(futures):
future.result()
# 主函数
def main():
with open('PRRSV.txt', 'r') as f:
file_names = f.readlines()
download_files(file_names)
if __name__ == '__main__':
main()
```
watch_folder = r'D:/zip' upload_url = 'http://192.168.1.226:6060/dz' def upload_file(file_path): with open(file_path, 'rb') as file: files = {'file': file} response = requests.post(upload_url, files=files) print(f"Uploaded {file_path}: {response.status_code}") def monitor_folder(): files = set() while True: current_files = set(os.listdir(watch_folder)) new_files = current_files - files for file in new_files: file_path = os.path.join(watch_folder, file) upload_file(file_path) files = current_files time.sleep(15) if __name__ == "__main__": monitor_folder() 加代码实现文件上传完成后将watch_folder = r'D:/zip'里的文件删除,而watch_folder = r'D:/zip'不动
要在文件上传完成后将 `watch_folder` 中的文件删除,可以在文件上传完成后使用 `os.remove()` 函数删除文件。以下是修改后的代码示例:
```python
import os
import time
import requests
watch_folder = r'D:/zip'
upload_url = 'http://192.168.1.226:6060/dz'
def upload_file(file_path):
with open(file_path, 'rb') as file:
files = {'file': file}
response = requests.post(upload_url, files=files)
print(f"Uploaded {file_path}: {response.status_code}")
def delete_file(file_path):
os.remove(file_path)
print(f"Deleted {file_path}")
def monitor_folder():
files = set()
while True:
current_files = set(os.listdir(watch_folder))
new_files = current_files - files
for file in new_files:
file_path = os.path.join(watch_folder, file)
upload_file(file_path)
delete_file(file_path)
files = current_files
time.sleep(15)
if __name__ == "__main__":
monitor_folder()
```
在上述代码中,我添加了一个名为 `delete_file()` 的新函数,用于删除已上传的文件。在上传完成后调用 `delete_file()` 函数,将已上传的文件从 `watch_folder` 中删除。
请注意,删除文件是一个不可逆的操作,请谨慎使用。确保你在明确了解代码功能和操作的情况下进行操作,并备份重要文件。
希望对你有所帮助!如果还有其他问题,请随时提问。