import requests with open('PRRSV.txt','r') as f: file_names = f.readlines() for file_name in file_names: file_name = file_name.strip() url = f"https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/{file_name}/{file_name}_genomic.gbff" response = requests.get(url) with open(f'{file_name}.gbff', 'wb') as f: f.write(response.content)

时间: 2024-04-27 21:22:12 浏览: 10
这段代码看起来像是使用Python的requests库和urllib库来下载gbff文件。代码的功能是从NCBI网站下载多个gbff文件,并将它们保存到本地。其中,文件名列表保存在PRRSV.txt文件中,每个文件名占一行。 代码的具体功能如下: 1. 使用Python的open()函数打开PRRSV.txt文件,并将文件中的所有行读取到一个列表中。 2. 遍历文件名列表,去掉每个文件名中的换行符,并构造NCBI网站的下载链接。 3. 使用Python的requests库向NCBI网站发送下载请求,并获取文件内容。 4. 将下载的文件内容保存到本地,文件名为原文件名加上".gbff"后缀。 需要注意的是,这段代码没有实现一个一个下载的功能,而是同时下载多个文件。如果您需要一个一个下载文件,可以将代码中的循环改为递归调用或者使用其他方式实现。
相关问题

改进代码import requests with open('PRRSV.txt','r') as f: file_names = f.readlines() for file_name in file_names: file_name = file_name.strip() url = f"ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/all/{file_name}/{file_name}_genomic.gbff.gz" response = requests.get(url) with open(f'{file_name}.gbff.gz', 'wb') as f: f.write(response.content)

你的代码似乎是从NCBI下载一些基因组数据文件,然后保存到本地。如果你想改进代码,可以考虑以下几点: 1. 引入异常处理机制,以应对可能出现的网络连接异常、文件读写异常等情况。 2. 使用多线程或异步IO等技术,以提高下载的效率。 3. 将文件的下载和保存分开,以便于维护和修改。 4. 添加一些日志记录,以便于排查问题和追踪程序的执行情况。 下面是一个可能的改进版本的代码示例,供你参考: ```python import os import logging import requests import concurrent.futures # 设置日志记录器 logger = logging.getLogger(__name__) logger.setLevel(logging.DEBUG) formatter = logging.Formatter('%(asctime)s - %(levelname)s - %(message)s') sh = logging.StreamHandler() sh.setLevel(logging.DEBUG) sh.setFormatter(formatter) logger.addHandler(sh) # 设置下载目录和线程数 DOWNLOAD_DIR = 'genomes' THREADS = 4 # 下载文件的函数 def download_file(url, file_path): try: logger.debug(f"downloading {url}") response = requests.get(url, stream=True) response.raise_for_status() with open(file_path, 'wb') as f: for chunk in response.iter_content(chunk_size=1024): f.write(chunk) logger.debug(f"downloaded {file_path}") except Exception as e: logger.error(f"failed to download {url}: {e}") # 下载文件列表中的所有文件 def download_files(file_list): with concurrent.futures.ThreadPoolExecutor(max_workers=THREADS) as executor: futures = [] for file_name in file_list: file_name = file_name.strip() url = f"ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/genbank/all/{file_name}/{file_name}_genomic.gbff.gz" file_path = os.path.join(DOWNLOAD_DIR, f"{file_name}.gbff.gz") os.makedirs(os.path.dirname(file_path), exist_ok=True) futures.append(executor.submit(download_file, url, file_path)) for future in concurrent.futures.as_completed(futures): future.result() # 主函数 def main(): with open('PRRSV.txt', 'r') as f: file_names = f.readlines() download_files(file_names) if __name__ == '__main__': main() ```

watch_folder = r'D:/zip' upload_url = 'http://192.168.1.226:6060/dz' def upload_file(file_path): with open(file_path, 'rb') as file: files = {'file': file} response = requests.post(upload_url, files=files) print(f"Uploaded {file_path}: {response.status_code}") def monitor_folder(): files = set() while True: current_files = set(os.listdir(watch_folder)) new_files = current_files - files for file in new_files: file_path = os.path.join(watch_folder, file) upload_file(file_path) files = current_files time.sleep(15) if __name__ == "__main__": monitor_folder() 加代码实现文件上传完成后将watch_folder = r'D:/zip'里的文件删除,而watch_folder = r'D:/zip'不动

要在文件上传完成后将 `watch_folder` 中的文件删除,可以在文件上传完成后使用 `os.remove()` 函数删除文件。以下是修改后的代码示例: ```python import os import time import requests watch_folder = r'D:/zip' upload_url = 'http://192.168.1.226:6060/dz' def upload_file(file_path): with open(file_path, 'rb') as file: files = {'file': file} response = requests.post(upload_url, files=files) print(f"Uploaded {file_path}: {response.status_code}") def delete_file(file_path): os.remove(file_path) print(f"Deleted {file_path}") def monitor_folder(): files = set() while True: current_files = set(os.listdir(watch_folder)) new_files = current_files - files for file in new_files: file_path = os.path.join(watch_folder, file) upload_file(file_path) delete_file(file_path) files = current_files time.sleep(15) if __name__ == "__main__": monitor_folder() ``` 在上述代码中,我添加了一个名为 `delete_file()` 的新函数,用于删除已上传的文件。在上传完成后调用 `delete_file()` 函数,将已上传的文件从 `watch_folder` 中删除。 请注意,删除文件是一个不可逆的操作,请谨慎使用。确保你在明确了解代码功能和操作的情况下进行操作,并备份重要文件。 希望对你有所帮助!如果还有其他问题,请随时提问。

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