hvf.info <- Seurat:::FindVariableFeatures.default(count.list[[i]],selection.method='vst',verbose=FALSE)
时间: 2023-06-14 16:03:33 浏览: 88
这行代码使用了Seurat包中的FindVariableFeatures.default函数,它的作用是对单细胞RNA测序数据进行特征基因的选择,以便后续的降维和聚类分析。其中,count.list[[i]]是单细胞RNA测序数据的矩阵,selection.method='vst'表示使用Variance Stabilizing Transformation方法进行特征基因的选择,verbose=FALSE表示不输出冗长的提示信息。
相关问题
hvf.info <- hvf.info[order(hvf.info$vst.variance.standardized, decreasing = TRUE), , drop = FALSE]
这段代码是对名为"hvf.info"的数据框按照"vst.variance.standardized"这一列进行降序排列的操作。具体来说,order()函数返回一个向量,表示hvf.info数据框中每一行在排序后的位置,然后这个向量被用作hvf.info数据框的行索引,从而重新排列数据框中的行。最后,drop = FALSE参数用于确保返回的结果仍为数据框类型。
emulator: handlecpuacceleration: feature check for hvf
"emulator" 是模拟器的意思。"handlecpuacceleration" 可能是用来处理 CPU 加速的功能。"feature check for hvf" 可能是检查是否支持 Hardware Virtualization Feature (HVF) 的功能。