corrplot添加p显著值
时间: 2023-07-11 07:39:33 浏览: 185
要在corrplot中添加p显著值,需要先进行相关系数的计算,然后将相关系数矩阵传递给corrplot函数,并使用signif.stars参数来控制p值的显示。
下面是一个示例代码:
``` r
library(corrplot)
library(Hmisc)
# 创建数据框
data(mtcars)
df <- mtcars[, c(1,3,4,5,6)]
corr <- cor(df)
# 计算p值
corr_p <- rcorr(as.matrix(df))$P
# 绘制corrplot,并添加p显著值
corrplot(corr, type = "upper", order = "hclust",
tl.col = "black", tl.srt = 45, tl.cex = 1.0,
p.mat = corr_p, sig.level = 0.05, insig = "blank")
```
在这个示例中,我们使用了Hmisc包中的rcorr函数来计算相关系数矩阵的p值。然后,我们将p值矩阵传递给corrplot函数,并使用sig.level参数来设定显著性水平,insig参数来设定非显著性的标记方式。最终,我们得到了一个包含相关系数和p值显著性标记的corrplot图。
相关问题
如何为corrplot构建的相关性热图中添加显著性值
要为corrplot构建的相关性热图中添加显著性值,可以使用“ggcorrplot”包。该包提供了一种简单的方法来创建带有显著性值的相关性热图。
以下是添加显著性值的步骤:
1. 安装ggcorrplot包
```
install.packages("ggcorrplot")
library(ggcorrplot)
```
2. 准备数据
```
data(mtcars)
```
3. 计算相关性矩阵
```
corr <- cor(mtcars)
```
4. 创建相关性热图
```
ggcorrplot(corr,
type = "upper",
hc.order = TRUE,
ggtheme = ggplot2::theme_gray,
colors = c("#6D9EC1", "white", "#E46726"),
lab = TRUE,
lab_size = 3.5,
method = "circle",
title = "Correlation Matrix")
```
5. 在相关性热图中添加显著性值
```
ggcorrplot(corr,
type = "upper",
hc.order = TRUE,
ggtheme = ggplot2::theme_gray,
colors = c("#6D9EC1", "white", "#E46726"),
lab = TRUE,
lab_size = 3.5,
method = "circle",
title = "Correlation Matrix") +
stat_cor(method = "pearson", label.x = 0.5, label.y = 0.5, label.sep = "\n",
aes(color = ..p.., size = ..p..), cor.prob = TRUE, p.adjust.method = "holm")
```
这将在相关性热图中添加显著性值。在此示例中,使用了“pearson”方法来计算相关性和显著性值。显著性值用颜色和大小编码,并使用“holm”方法进行多重比较校正。
如何在corrplot构建的相关性热图中添加显著性值的标签
要在corrplot构建的相关性热图中添加显著性值的标签,可以使用corrplot中的addSigLevel()函数。该函数可以在热图中添加标记,用于指示相关性系数的显著性水平。具体步骤如下:
1. 使用corrplot()函数创建相关性热图。
2. 使用addSigLevel()函数,在热图中添加显著性标记。例如,可以使用以下代码将显著性水平标记添加到热图中:
```R
corrplot(M, method = "color", type = "upper", tl.col = "black", tl.srt = 45)
addSigLevel(0.05, h = nrow(M), v = ncol(M), col = "red")
```
其中,M是一个相关性矩阵,method指定热图的颜色方案,type指定要显示的矩阵上三角或下三角部分,tl.col指定文本标签的颜色,tl.srt指定文本标签的旋转角度。addSigLevel()函数中,0.05指定显著性水平,h和v指定标记的位置,col指定标记的颜色。
3. 运行代码,即可在热图中添加显著性标记。