python怎样借助neurokit2包,读取已下载好的MIT-BIH 数据库心电数据,并定位和标记P波、T波、Q波、S波。请说明详细步骤和代码。

时间: 2023-11-27 18:53:34 浏览: 42
首先,确保已经安装了`neurokit2`和`wfdb`包。然后,可以按照以下步骤读取MIT-BIH数据库中的心电数据并定位波形: 1. 导入所需的包: ```python import wfdb import neurokit2 as nk import matplotlib.pyplot as plt ``` 2. 下载MIT-BIH数据库中的数据: ```python record = wfdb.rdrecord('100', sampfrom=0, sampto=None, channels=[0], pbdir=None, m2s=True, smoothframes=False) ``` 其中,`'100'`表示数据集中的一条记录,可以根据需要更改为其他记录号。 3. 提取心电信号: ```python ecg_signal = record.p_signal.flatten() ``` 4. 滤波: ```python ecg_clean = nk.ecg_clean(ecg_signal, method='neurokit') ``` 5. 心电信号预处理: ```python processed_signal, info = nk.ecg_process(ecg_clean, sampling_rate=record.fs) ``` 6. 定位和标记P波、T波、Q波、S波: ```python rpeaks = nk.ecg_find_peaks(processed_signal, sampling_rate=record.fs)['ECG_R_Peaks'] waves = nk.ecg_delineate(ecg_clean, rpeaks, sampling_rate=record.fs, method='dwt') ``` 其中,`rpeaks`为R峰位置数组,`waves`为包含所有波形位置和幅度信息的字典。 7. 可视化结果: ```python fig, axs = plt.subplots(2, 1, figsize=(12, 6), sharex=True) axs[0].plot(ecg_clean) axs[0].plot(waves['ECG_R_Peaks'], ecg_clean[waves['ECG_R_Peaks']], 'x', label='R-peaks') axs[0].plot(waves['ECG_P_Onsets'], ecg_clean[waves['ECG_P_Onsets']], 'o', label='P-onsets') axs[0].plot(waves['ECG_P_Peaks'], ecg_clean[waves['ECG_P_Peaks']], '.', label='P-peaks') axs[0].plot(waves['ECG_P_Offsets'], ecg_clean[waves['ECG_P_Offsets']], 'o', label='P-offsets') axs[0].plot(waves['ECG_T_Onsets'], ecg_clean[waves['ECG_T_Onsets']], '*', label='T-onsets') axs[0].plot(waves['ECG_T_Peaks'], ecg_clean[waves['ECG_T_Peaks']], '.', label='T-peaks') axs[0].plot(waves['ECG_T_Offsets'], ecg_clean[waves['ECG_T_Offsets']], '*', label='T-offsets') axs[0].set_title('ECG signal with R-Peaks and Waves') axs[0].set_xlabel('Sample #') axs[0].set_ylabel('Amplitude') axs[0].legend() axs[1].plot(processed_signal['ECG_Raw']) axs[1].plot(waves['ECG_R_Peaks'], processed_signal['ECG_Raw'][waves['ECG_R_Peaks']], 'x', label='R-peaks') axs[1].plot(waves['ECG_P_Onsets'], processed_signal['ECG_Raw'][waves['ECG_P_Onsets']], 'o', label='P-onsets') axs[1].plot(waves['ECG_P_Peaks'], processed_signal['ECG_Raw'][waves['ECG_P_Peaks']], '.', label='P-peaks') axs[1].plot(waves['ECG_P_Offsets'], processed_signal['ECG_Raw'][waves['ECG_P_Offsets']], 'o', label='P-offsets') axs[1].plot(waves['ECG_T_Onsets'], processed_signal['ECG_Raw'][waves['ECG_T_Onsets']], '*', label='T-onsets') axs[1].plot(waves['ECG_T_Peaks'], processed_signal['ECG_Raw'][waves['ECG_T_Peaks']], '.', label='T-peaks') axs[1].plot(waves['ECG_T_Offsets'], processed_signal['ECG_Raw'][waves['ECG_T_Offsets']], '*', label='T-offsets') axs[1].set_title('ECG signal with R-Peaks and Waves (zoomed)') axs[1].set_xlabel('Sample #') axs[1].set_ylabel('Amplitude') axs[1].set_xlim(500, 1000) axs[1].set_ylim(-0.6, 0.6) axs[1].legend() plt.show() ``` 这样就可以得到定位和标记好波形的心电图了。

相关推荐

import wfdb import numpy as np import os import cv2 from PIL import Image import matplotlib.pyplot as plt # 设置数据集路径 data_path = 'mit-bih-arrhythmia-database-1.0.0/' # 设置输出路径 output_path = 'ImageMITBIH/' N_beats_pos = [] A_beats_pos = [] V_beats_pos = [] F_beats_pos = [] L_beats_pos = [] R_beats_pos = [] qita_beats_pos = [] # 读取数据集中所有记录的文件名 records = wfdb.get_record_list('mitdb') print('file list =', records) # 循环遍历每个记录文件 for record in records: print('\n') print('Processing record:', record) # 读取记录文件中的信号和标注信息 all_signals, fields = wfdb.rdsamp(os.path.join(data_path, record)) signals = [x[0] for x in all_signals] annotations = wfdb.rdann(os.path.join(data_path, record), 'atr') print('signals =', signals) print('signals_amount =', len(signals)) print('fields =', fields) print('annotations =', annotations) # 获取每个心拍的位置和类别 beats_pos = annotations.sample beats_labels = annotations.symbol print('beats_pos =', beats_pos) print('pos_amount =', len(beats_pos)) print('beats_labels =', beats_labels) print('labels_amount =', len(beats_labels)) print('labels_forms =', list(set(beats_labels))) for i in range(len(beats_labels)): if beats_labels[i] == 'N': # 正常心拍 N_beats_pos.append(beats_pos[i]) if beats_labels[i] == 'A': # 房性早搏 A_beats_pos.append(beats_pos[i]) if beats_labels[i] == 'V': # 室性早搏 V_beats_pos.append(beats_pos[i]) if beats_labels[i] == 'F': # 室性融合波 F_beats_pos.append(beats_pos[i]) if beats_labels[i] == 'L': # 左束传导受阻 L_beats_pos.append(beats_pos[i]) if beats_labels[i] == 'R': # 右束传导受阻 R_beats_pos.append(beats_pos[i]) else: # 其他异常心拍或无效信号 qita_beats_pos.append(beats_pos[i])逐句翻译一下

最新推荐

recommend-type

setuptools-33.1.1-py2.py3-none-any.whl

Node.js,简称Node,是一个开源且跨平台的JavaScript运行时环境,它允许在浏览器外运行JavaScript代码。Node.js于2009年由Ryan Dahl创立,旨在创建高性能的Web服务器和网络应用程序。它基于Google Chrome的V8 JavaScript引擎,可以在Windows、Linux、Unix、Mac OS X等操作系统上运行。 Node.js的特点之一是事件驱动和非阻塞I/O模型,这使得它非常适合处理大量并发连接,从而在构建实时应用程序如在线游戏、聊天应用以及实时通讯服务时表现卓越。此外,Node.js使用了模块化的架构,通过npm(Node package manager,Node包管理器),社区成员可以共享和复用代码,极大地促进了Node.js生态系统的发展和扩张。 Node.js不仅用于服务器端开发。随着技术的发展,它也被用于构建工具链、开发桌面应用程序、物联网设备等。Node.js能够处理文件系统、操作数据库、处理网络请求等,因此,开发者可以用JavaScript编写全栈应用程序,这一点大大提高了开发效率和便捷性。 在实践中,许多大型企业和组织已经采用Node.js作为其Web应用程序的开发平台,如Netflix、PayPal和Walmart等。它们利用Node.js提高了应用性能,简化了开发流程,并且能更快地响应市场需求。
recommend-type

超级简单的地图操作工具开发可疑应急,地图画点,画线,画区域,获取地图经纬度等

解压密码:10086007 参考:https://blog.csdn.net/qq_38567039/article/details/138872298?csdn_share_tail=%7B%22type%22%3A%22blog%22%2C%22rType%22%3A%22article%22%2C%22rId%22%3A%22138872298%22%2C%22source%22%3A%22qq_38567039%22%7D 获取地图经纬度等 超级简单的地图操作工具开发可疑应急,echars的地图画点,画线,画区域 <script type="text/javascript" src="echarts.min.js"></script> <!-- Uncomment this line if you want to use map--> <script type="text/javascript" src="china.js"></script> <script type="text/javascript" src="world.js"></script>
recommend-type

java进销存管理系统(jsp+mssql).zip

java进销存管理系统(jsp+mssql)
recommend-type

launcher (1).apk

launcher (1).apk
recommend-type

setuptools-38.4.0-py2.py3-none-any.whl

Node.js,简称Node,是一个开源且跨平台的JavaScript运行时环境,它允许在浏览器外运行JavaScript代码。Node.js于2009年由Ryan Dahl创立,旨在创建高性能的Web服务器和网络应用程序。它基于Google Chrome的V8 JavaScript引擎,可以在Windows、Linux、Unix、Mac OS X等操作系统上运行。 Node.js的特点之一是事件驱动和非阻塞I/O模型,这使得它非常适合处理大量并发连接,从而在构建实时应用程序如在线游戏、聊天应用以及实时通讯服务时表现卓越。此外,Node.js使用了模块化的架构,通过npm(Node package manager,Node包管理器),社区成员可以共享和复用代码,极大地促进了Node.js生态系统的发展和扩张。 Node.js不仅用于服务器端开发。随着技术的发展,它也被用于构建工具链、开发桌面应用程序、物联网设备等。Node.js能够处理文件系统、操作数据库、处理网络请求等,因此,开发者可以用JavaScript编写全栈应用程序,这一点大大提高了开发效率和便捷性。 在实践中,许多大型企业和组织已经采用Node.js作为其Web应用程序的开发平台,如Netflix、PayPal和Walmart等。它们利用Node.js提高了应用性能,简化了开发流程,并且能更快地响应市场需求。
recommend-type

zigbee-cluster-library-specification

最新的zigbee-cluster-library-specification说明文档。
recommend-type

管理建模和仿真的文件

管理Boualem Benatallah引用此版本:布阿利姆·贝纳塔拉。管理建模和仿真。约瑟夫-傅立叶大学-格勒诺布尔第一大学,1996年。法语。NNT:电话:00345357HAL ID:电话:00345357https://theses.hal.science/tel-003453572008年12月9日提交HAL是一个多学科的开放存取档案馆,用于存放和传播科学研究论文,无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构,也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaire
recommend-type

实现实时数据湖架构:Kafka与Hive集成

![实现实时数据湖架构:Kafka与Hive集成](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/10eb2e6972b3b6086286fc64c0b3ee41.jpeg) # 1. 实时数据湖架构概述** 实时数据湖是一种现代数据管理架构,它允许企业以低延迟的方式收集、存储和处理大量数据。与传统数据仓库不同,实时数据湖不依赖于预先定义的模式,而是采用灵活的架构,可以处理各种数据类型和格式。这种架构为企业提供了以下优势: - **实时洞察:**实时数据湖允许企业访问最新的数据,从而做出更明智的决策。 - **数据民主化:**实时数据湖使各种利益相关者都可
recommend-type

解释minorization-maximization (MM) algorithm,并给出matlab代码编写的例子

Minorization-maximization (MM) algorithm是一种常用的优化算法,用于求解非凸问题或含有约束的优化问题。该算法的基本思想是通过构造一个凸下界函数来逼近原问题,然后通过求解凸下界函数的最优解来逼近原问题的最优解。具体步骤如下: 1. 初始化参数 $\theta_0$,设 $k=0$; 2. 构造一个凸下界函数 $Q(\theta|\theta_k)$,使其满足 $Q(\theta_k|\theta_k)=f(\theta_k)$; 3. 求解 $Q(\theta|\theta_k)$ 的最优值 $\theta_{k+1}=\arg\min_\theta Q(
recommend-type

JSBSim Reference Manual

JSBSim参考手册,其中包含JSBSim简介,JSBSim配置文件xml的编写语法,编程手册以及一些应用实例等。其中有部分内容还没有写完,估计有生之年很难看到完整版了,但是内容还是很有参考价值的。