r中设置工作环境为/Users/imac/Desktop/summary_process,读取一个csv文件,文件地址为/Users/imac/Desktop/summary_process/output_summary15.csv,paste函数把文件的第4列、第5列、第25列、第17列、第26列、第10列粘贴在一起,注意这些不是列名,在右边加入一个新列,csv原本的内容不删除,粘贴格式为第4列内容::第5列内容::blastx::第25列内容::第17列内容::blastn::第26列内容::第17列内容,再用do包的Replace函数将csv文件中的空格用符号.代替,所有N/A用NA代替,并输出一个新文件,帮我写一下代码
时间: 2024-03-01 10:50:47 浏览: 75
以下是实现你所需功能的完整代码:
```
library(data.table)
library(stringr)
library(do)
# 设置工作目录
setwd("/Users/imac/Desktop/summary_process")
# 读取csv文件
data <- fread("output_summary15.csv")
# 选择需要的列
cols <- c(4, 5, 25, 17, 26, 10)
selected_data <- data[, cols, with=FALSE]
# 将列粘在一起
text <- apply(selected_data, 1, function(x) {
paste(x[1], x[2], "blastx", x[3], x[4], "blastn", x[5], x[6], sep = "::")
})
# 添加新列
data$new_col <- text
# 将空格和N/A替换
data <- Replace(data, " ", ".", cols = colnames(data))
data <- Replace(data, "N/A", NA, cols = colnames(data))
# 输出新文件
fwrite(data, "output_summary15_new.csv")
```
这里使用了`with=FALSE`来确保选择列时使用列的索引而不是列名,因为你提到这些不是列名。使用`stringr`包的`str_replace_all()`函数可以方便地替换所有空格。`do`包的`Replace()`函数用于将N/A替换为NA。最后,使用`fwrite()`函数将新数据写入新文件`output_summary15_new.csv`中。
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