计算fasta文件中每个氨基酸个数Python不使用Biopython
时间: 2023-06-08 11:08:19 浏览: 96
Amino-acid-count:它包含python代码,可从给定的DNA序列中计算氨基酸序列中的氨基酸
好的,我明白了您的问题。下面是Python代码:
```python
# 读取fasta文件
fasta_file = open("example.fasta", "r")
fasta_lines = fasta_file.readlines()
# 去除标题行
fasta_lines.pop(0)
# 拼接序列行
sequence = ''.join(fasta_lines).replace('\n', '')
# 统计每个氨基酸出现的次数
amino_acids = {}
for amino_acid in sequence:
if amino_acid in amino_acids:
amino_acids[amino_acid] += 1
else:
amino_acids[amino_acid] = 1
# 输出结果
for key, value in amino_acids.items():
print(key + ': ' + str(value))
```
这段代码读取一个名为example.fasta的fasta文件,统计其中每个氨基酸出现的次数,最终输出结果。如果您想处理其他fasta文件,只需要在代码中修改相应的文件名即可。
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