adata.obs.at[adata.obs['lineage'] == '0', 'lineage'] = 'preGranulosa' has InvalidIndexError: You can only assign a scalar value not a <class 'str'>
时间: 2023-12-05 19:04:44 浏览: 136
这 error 的原因是 adata.obs['lineage'] 的 index 不可变。如果你想要修改某些行的值,你可以使用 loc 或者 iloc,示例代码如下:
```
adata.obs.loc[adata.obs['lineage'] == '0', 'lineage'] = 'preGranulosa'
```
这样就可以将 adata.obs 中 lineage 列为 0 的行改为 preGranulosa。
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fig, axs = plt.subplots(1, 4, figsize=(15, 4)) sns.displot(adata.obs["total_counts"], kde=False, ax=axs[0]) sns.displot(adata.obs["total_counts"][adata.obs["total_counts"] < 10000], kde=False, bins=40, ax=axs[1]) sns.displot(adata.obs["n_genes_by_counts"], kde=False, bins=60, ax=axs[2]) sns.displot(adata.obs["n_genes_by_counts"][adata.obs["n_genes_by_counts"] < 4000], kde=False, bins=60, ax=axs[3]) plt.show()完善这段代码使图像在一个画布上生成
可以使用`plt.subplots()`函数来创建一个包含所有子图的画布。修改代码如下:
```python
fig, axs = plt.subplots(1, 4, figsize=(15, 4))
sns.displot(adata.obs["total_counts"], kde=False, ax=axs[0])
sns.displot(adata.obs["total_counts"][adata.obs["total_counts"] < 10000], kde=False, bins=40, ax=axs[1])
sns.displot(adata.obs["n_genes_by_counts"], kde=False, bins=60, ax=axs[2])
sns.displot(adata.obs["n_genes_by_counts"][adata.obs["n_genes_by_counts"] < 4000], kde=False, bins=60, ax=axs[3])
# 移除原始的plt.show()
plt.tight_layout() # 调整子图之间的间距
plt.show()
```
这样修改后,所有的子图将在一个画布上生成,并且通过`plt.tight_layout()`函数可以调整子图之间的间距,以确保它们不会重叠。
print(adata.obs)
`(adata.obs)` 是打印 AnnData 对象 `adata 中的细胞元数据。 `adata.obs` 是一个数据框(DataFrame)对象,它存储了与每个细胞相关的元数据信息。通过打印 `adata.obs`,你可以查看这些元数据。
细胞元数据通常包含关于每个细胞的信息,例如细胞类型、样本来源、处理条件等。它在单细胞RNA-Seq分析中非常有用,可以帮助我们理解和解释单细胞数据的生物学特征和样本信息。
打印 `adata.obs` 将显示细胞元数据的内容,其中每一行表示一个细胞,每一列表示一个元数据字段。具体显示的内容取决于你的数据集和添加的元数据字段。
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