如何用Limma进行基因差异性分析?写出R语言的代码
时间: 2023-03-25 20:03:29 浏览: 142
用limma对基因进行差异分析
Limma是一种常用的基因差异性分析工具,可以用于RNA-seq和microarray数据的分析。下面是使用Limma进行基因差异性分析的R语言代码:
# 导入数据
library(limma)
data <- read.table("data.txt", header=TRUE, row.names=1)
# 设计矩阵
design <- model.matrix(~condition, data=data)
# 创建线性模型
fit <- lmFit(data, design)
# 计算基因表达量的差异
contrast.matrix <- makeContrasts(condition2-condition1, levels=design)
fit2 <- contrasts.fit(fit, contrast.matrix)
fit2 <- eBayes(fit2)
# 输出差异基因
topTable(fit2, adjust.method="BH", sort.by="B", number=10)
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