基因表达短时间序列分析在线软件有哪些?
时间: 2023-08-11 22:06:11 浏览: 54
以下是一些常用的基因表达短时间序列分析的在线软件:
1. GEO2R:该工具可用于分析 NCBI GEO 数据库中的基因表达数据。它可以生成差异基因表达分析和聚类分析结果,并提供在线可视化功能。
2. Short Time-series Expression Miner (STEM):该工具可用于分析基因表达的时间序列数据,并找出基因表达的显著模式。
3. Short Time-series Expression Decomposition (STED):该工具可用于对基因表达时间序列数据进行分解,以提取不同的基因表达模式,并进行可视化展示。
4. Genevestigator:该工具是一个基因表达分析平台,可用于挖掘基因表达数据中的生物学信息,并对数据进行可视化展示。
5. Time Series Explorer (TSE):该工具是一个在线的基因表达时间序列分析平台,可用于探索基因表达数据中的模式和趋势,并进行可视化展示。
相关问题
基因表达趋势分析在线软件有哪些?
基因表达趋势分析在线软件有很多,以下是一些常用的:
1. GEO2Enrichr:这是一个在线工具,可以从GEO数据库下载基因表达数据,并进行富集分析和基因表达趋势分析。
2. Expander:这是一个非常强大的基因表达数据分析工具,可以进行基因表达趋势分析、聚类分析、富集分析等多种分析。
3. Genevestigator:这是一个基因表达数据分析和可视化工具,提供了丰富的基因表达趋势分析和比较功能。
4. GEPIA:这是一个基因表达数据分析工具,提供了基因表达趋势分析、基因差异表达分析、生存分析等多种分析和可视化功能。
5. Morpheus:这是一个基因表达数据分析和可视化工具,提供了基因表达趋势分析、聚类分析、差异表达分析等多种功能。
以上工具都可以通过在线网站免费使用。需要注意的是,基因表达趋势分析需要输入基因表达数据,因此在使用这些在线工具时,需要先准备好自己的基因表达数据。
单基因泛癌蛋白表达差异分析的数据库有哪些
目前,常用的单基因泛癌蛋白表达差异分析数据库包括以下几个:
1. Oncomine(https://www.oncomine.com/):一个专门用于癌症基因表达谱的数据库,包含来自多个研究的RNA表达谱数据,可用于寻找差异表达的基因。
2. Gene Expression Profiling Interactive Analysis (GEPIA)(http://gepia.cancer-pku.cn/):一个在线分析工具,包含来自The Cancer Genome Atlas (TCGA)和Genotype-Tissue Expression (GTEx)数据库的RNA-Seq数据,可用于研究基因表达谱与癌症相关性。
3. cBioPortal(https://www.cbioportal.org/):一个在线的癌症基因组学分析平台,包含来自TCGA和其他癌症研究项目的多组学数据,包括RNA表达谱数据,可用于进行基因表达差异分析和功能注释等研究。
4. Tumor Immune Dysfunction and Exclusion (TIDE)(http://tide.dfci.harvard.edu/):一个用于预测肿瘤免疫治疗响应的在线工具,包含来自TCGA的RNA表达谱数据,可用于研究免疫相关基因的表达差异和影响。
以上这些数据库都是非常有用的工具,能够帮助研究人员对单基因泛癌蛋白的表达差异进行深入的分析和挖掘。