如何调用https://github.com/Zora-LM/HGAN-DTI这个模型
时间: 2023-12-19 11:04:32 浏览: 93
这个模型是一个基于PyTorch的深度学习模型,用于预测药物与蛋白质之间的相互作用。如果你想使用该模型进行预测,需要按照以下步骤进行:
1. 首先,你需要下载该模型的代码和训练好的权重文件。可以通过以下命令从GitHub上进行下载:
```
git clone https://github.com/Zora-LM/HGAN-DTI.git
```
2. 接下来,你需要安装该模型的依赖项。可以通过以下命令进行安装:
```
pip install -r requirements.txt
```
3. 下载训练好的权重文件。你可以从该项目的release页面中下载预训练的权重文件,并将其保存到`./saved_models/`目录下。
4. 使用该模型进行预测。你可以使用`predict.py`文件进行预测。运行以下命令:
```
python predict.py --drug SMILES --target FASTA --model_name MODEL_NAME
```
其中,`--drug`参数指定药物的SMILES表示,`--target`参数指定蛋白质的FASTA表示,`--model_name`参数指定使用的模型。例如,如果你想使用预训练的`HGAN-DTI`模型进行预测,可以运行以下命令:
```
python predict.py --drug 'CC1=C(C=CC=C1)C(=O)NC2=CC=CC=C2' --target 'MGLSDGEWQLVLHVWAKVEADVAGHGQDILIRLFKSHPETLEKFDRVKHLKTEAEMKASEDLKKHGVTVLTALGAILKKKGHHEAEIKPLAQSHATKHKIPVKYLEFISEAIIHVLHSRHPGDFGADAQGAMNKALELFRKDMASNYKELGFQG' --model_name HGAN-DTI
```
注意,该模型的输入需要是药物的SMILES表示和蛋白质的FASTA表示。如果你没有这些表示,你需要先将药物和蛋白质转换为相应的表示。
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