不用matlab库函数实现层次聚类
时间: 2023-10-16 07:14:19 浏览: 93
层次聚类是一种无监督学习的聚类方法,其目标是根据样本之间的相似度(距离)将样本划分为不同的簇。以下是一种不使用Matlab库函数实现层次聚类的方法:
1. 初始化:将每个样本看作一个簇。
2. 计算相似矩阵:计算每两个簇之间的相似度(距离),可以使用欧氏距离或其他距离度量方法。
3. 合并:找到相似度最高的两个簇,将它们合并成一个新的簇。
4. 更新相似矩阵:重新计算新簇与其他簇之间的相似度。
5. 重复步骤3和4,直到所有样本被划分为一个簇或达到预设的簇数目。
6. 可视化:将结果可视化,可以使用树状图或其他可视化方法。
以下是一份Python代码示例:
```python
import numpy as np
def euclidean_distance(a, b):
# 计算欧氏距离
return np.sqrt(np.sum(np.square(a - b)))
def hierarchical_clustering(data, k):
# 初始化:将每个样本看作一个簇
clusters = [i for i in range(data.shape[0])]
# 计算距离矩阵
distances = np.zeros((data.shape[0], data.shape[0]))
for i in range(data.shape[0]):
for j in range(i + 1, data.shape[0]):
distances[i, j] = euclidean_distance(data[i], data[j])
distances[j, i] = distances[i, j]
# 合并簇
while len(set(clusters)) > k:
# 找到距离最近的两个簇
i, j = np.unravel_index(np.argmin(distances), distances.shape)
# 将它们合并成一个新的簇
for index, cluster in enumerate(clusters):
if cluster == j:
clusters[index] = i
# 更新距离矩阵
for index in range(distances.shape[0]):
if index != i and index != j:
distances[i, index] = (distances[i, index] + distances[j, index]) / 2
distances[index, i] = distances[i, index]
distances = np.delete(distances, j, axis=0)
distances = np.delete(distances, j, axis=1)
return clusters
```
其中,`data`是一个$N \times M$的矩阵,表示$N$个样本的$M$维特征向量;`k`是聚类的簇数目。函数返回一个长度为$N$的列表,表示每个样本属于的簇的编号。可以使用`numpy`和`matplotlib`库进行数据处理和可视化。
阅读全文