怎么查询PDB结构的Relative_accessible_surface_area
时间: 2023-10-06 17:09:19 浏览: 94
你可以使用PDB文件中的ATOM和HETATM信息计算相对可及表面积(Relative Accessible Surface Area,RASA)。有些生物信息学工具可以帮助您计算RASA,比如Naccess、Areaimol、MSMS等。这些工具可以将PDB文件中的原子坐标转化为分子表面网格,并计算每个原子的表面积,然后计算相对可及表面积。您也可以编写自己的程序来计算RASA。
相关问题
怎么查询PDB结构的Solvent Accessible (ACC) Surface
要查询PDB结构的Solvent Accessible Surface (ACC Surface),可以使用一些生物信息学工具,比如PyMOL或者VMD。以下是使用PyMOL查询PDB结构的Solvent Accessible Surface的步骤:
1. 打开PyMOL软件,点击“File”菜单,选择“Open”打开PDB文件。
2. 在PyMOL窗口中,点击“Actions”菜单,选择“Surface” -> “Show Surface”,打开表面展示窗口。
3. 在表面展示窗口中,点击“Surface Quality”菜单,选择“Solvent Accessible Surface”,即可显示PDB结构的Solvent Accessible Surface。
4. 可以通过调整光线、颜色等参数,进一步定制表面展示效果。
需要注意的是,查询PDB结构的Solvent Accessible Surface需要先计算分子的溶剂可及表面积,这个计算可以通过第三方软件或者在线工具完成,比如MSMS、NACCESS、ASAView等。计算完成后,将结果导入PyMOL并进行表面展示即可。
python pdb.set_trace
引用\[1\]中介绍了使用pdb.set_trace()来设置断点的方法。在代码中插入pdb.set_trace()后,程序会在该位置自动暂停并进入pdb调试环境。在调试环境中,可以使用命令p来查看变量的值,或者使用命令c来继续运行代码。例如,在引用\[2\]中的代码中,当程序执行到pdb.set_trace()时,会进入pdb调试环境,可以使用命令p n来查看变量n的值,然后使用命令c继续运行代码。在这个例子中,由于n的值为0,导致了ZeroDivisionError异常的发生。\[1\]\[2\]
另外,引用\[3\]中的代码展示了一个简单的示例,其中使用了pdb.set_trace()来设置断点。当程序执行到pdb.set_trace()时,会进入pdb调试环境,可以使用命令p来查看变量的值,然后使用命令c继续运行代码。在这个例子中,可以通过调试环境来观察变量a的值的变化。\[3\]
#### 引用[.reference_title]
- *1* *2* [python pdb.set_trace()](https://blog.csdn.net/weixin_63448558/article/details/130671990)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
- *3* [python pdb调试方法](https://blog.csdn.net/qq_41554005/article/details/114301729)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_source":"vip_chatgpt_common_search_pc_result","utm_medium":"distribute.pc_search_result.none-task-cask-2~all~insert_cask~default-1-null.142^v91^insertT0,239^v3^insert_chatgpt"}} ] [.reference_item]
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