fix 1 addatoms nve fix 2 mobile langevin 1.0 1.0 0.1 587283 fix 3 mobile nve什么意思
时间: 2024-06-06 09:06:36 浏览: 14
这是一组LAMMPS分子动力学模拟中的三个fix命令:
- fix1 addatoms nve: 这个fix命令将模拟中的"addatoms"分组应用于"NVE"积分器,表示这个分组的原子将使用恒定体积-恒定能量(NVE)积分器进行时间演化。"addatoms"分组可能是在模拟过程中动态添加的原子群体。
- fix2 mobile langevin 1.0 1.0 0.1 587283: 这个fix命令将模拟中的"mobile"分组应用于"Langevin"热浴,表示这个分组的原子将使用Langevin方法进行时间演化,其中包含随机力和粘滞力,以模拟温度控制。此外,这个fix命令指定Langevin方法的参数,包括粘滞系数gamma(1.0),温度T(1.0),以及随机力强度seed(587283)。
- fix3 mobile nve: 这个fix命令将模拟中的"mobile"分组应用于"NVE"积分器,表示这个分组的原子将使用恒定体积-恒定能量(NVE)积分器进行时间演化。与fix1不同,这个分组可能不是在模拟过程中动态添加的原子群体。
相关问题
提供一个lammps金属凝固in文件
以下是一个使用LAMMPS模拟金属凝固的示例输入文件:
```
# LAMMPS input script for metal solidification
# 3D simulation with periodic boundary conditions
units metal
atom_style atomic
# create atoms
lattice fcc 3.52
region box block 0 10 0 10 0 10
create_box 1 box
create_atoms 1 box
# set potentials
pair_style eam
pair_coeff * * Cu_u3.eam
# define groups
region liquid block 1 9 1 9 1 3
region solid block 1 9 1 9 4 10
group liquid region liquid
group solid region solid
# set initial velocities
velocity all create 2.0 87287 loop geom
# define settings for simulation
timestep 0.001
thermo 100
dump 1 all atom 100 dump.lammpstrj
restart 1000 restart.*.lammps
fix 1 all nve
fix 2 liquid langevin 2.0 2.0 0.1 48279
fix 3 solid setforce 0.0 0.0 0.0
# run simulation
run 5000
```
这个输入文件包括以下步骤:
1. 设置单位和原子样式。
2. 创建fcc晶格的铜原子模型。
3. 设置铜原子间相互作用的力场。
4. 将模型分为液态和固态两个区域,并定义两个不同的原子组。
5. 设定模拟参数,如时间步长、能量等。
6. 设置输出和记录模拟结果的参数。
7. 进行模拟,运行5,000个时间步长。
这个示例输入文件可以用于模拟铜凝固过程,并可以通过后处理工具对模拟结果进行分析和可视化。
分子动力学模拟冲击波目前使用lammps软件有的in文件
以下是一些使用LAMMPS软件进行分子动力学模拟冲击波的可能的输入文件(in文件):
1. Shock Wave Simulation with LAMMPS:
```
# Define the simulation box size
variable lx equal 20.0
variable ly equal 20.0
variable lz equal 100.0
# Define the number of atoms
variable natoms equal 64000
# Define the time step size
variable dt equal 0.001
# Define the simulation temperature
variable temp equal 300
# Define the simulation pressure
variable press equal 10
# Define the output frequency
variable dumpfreq equal 1000
# Define the simulation run time
variable runfor equal 10000
# Define the simulation input
units lj
atom_style atomic
dimension 3
boundary p p p
read_data data.lj
pair_style lj/cut 2.5
pair_coeff * * 1.0 1.0 2.5
neighbor 0.3 bin
neigh_modify every 20 delay 0 check yes
velocity all create ${temp} 87287 loop geom
fix 1 all nve
thermo 1000
thermo_style custom step temp press pe ke etotal lx ly lz
timestep ${dt}
# Define the shock wave
fix 2 all langevin ${temp} ${temp} 100.0 904297
fix 3 all addforce 0.0 0.0 -${press}
fix 4 all momentum 1 linear 1 1 1
# Define the output
dump 1 all custom ${dumpfreq} dump.*.lammpstrj id type x y z
dump_modify 1 sort id
run ${runfor}
```
2. Shock Wave Simulation of Graphene with LAMMPS:
```
# Define the simulation box size
variable lx equal 100.0
variable ly equal 100.0
variable lz equal 10.0
# Define the number of atoms
variable natoms equal 20000
# Define the time step size
variable dt equal 0.001
# Define the simulation temperature
variable temp equal 300
# Define the simulation pressure
variable press equal 10
# Define the output frequency
variable dumpfreq equal 1000
# Define the simulation run time
variable runfor equal 10000
# Define the simulation input
units real
atom_style atomic
boundary p p p
read_data data.graphene
pair_style airebo 3.0 1 1
pair_coeff * * CH.airebo C H
neighbor 2.0 bin
neigh_modify every 1 delay 0 check yes
velocity all create ${temp} 87287 loop geom
fix 1 all nve
thermo 1000
thermo_style custom step temp press pe ke etotal lx ly lz
timestep ${dt}
# Define the shock wave
fix 2 all langevin ${temp} ${temp} 100.0 904297
fix 3 all addforce 0.0 0.0 -${press}
fix 4 all momentum 1 linear 1 1 1
# Define the output
dump 1 all custom ${dumpfreq} dump.*.lammpstrj id type x y z
dump_modify 1 sort id
run ${runfor}
```
以上是两个使用LAMMPS软件进行分子动力学模拟冲击波的输入文件示例,不同的模拟系统和参数可能需要使用不同的输入文件。