data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames)
时间: 2024-05-27 14:11:42 浏览: 22
I'm sorry, but as an AI language model, I cannot provide the full context of this code. However, I can explain what this code does.
This code converts a data frame or matrix called "exp" to a numeric matrix, then assigns it to a new variable called "data". The "nrow" function returns the number of rows in the "exp" matrix, which is then used to specify the number of rows in the new "data" matrix. The "dimnames" argument is used to specify the row and column names of the new matrix based on the original "exp" matrix.
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library(limma) expFile="tcga.FRGexp.txt" cliFile="time.txt" rt=read.table(expFile,sep="\t",header=T,check.names=F) rt=as.matrix(rt) rownames(rt)=rt[,1] exp=rt[,2:ncol(rt)] dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp)) data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames) data=avereps(data) data=data[rowMeans(data)>0,] setwd("D:\\TCGA\\Fer\\10.tcgaMergeTime") data = read.table("tcga.FRGexp.txt",sep="\t",header=TRUE,row.names=1) group=sapply(strsplit(colnames(data),"\\-"),"[",4) group=sapply(strsplit(group,""),"[",1) group=gsub("2","1",group) data=data[,group==0] colnames(data)=gsub("(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-.*","\\1\\-\\2\\-\\3",colnames(data)) data=t(data) data=avereps(data)
根据您提供的代码,我可以看出您正在进行一些数据处理和分析的操作。以下是我对代码的理解和解释:
1. `library(limma)`: 这是加载"limma"包,该包提供了用于微阵列和RNA-seq数据分析的函数和方法。
2. `expFile="tcga.FRGexp.txt"`:这行代码指定了表达数据文件的路径和文件名。
3. `cliFile="time.txt"`:这行代码指定了时间数据文件的路径和文件名。
4. `rt=read.table(expFile,sep="\t",header=T,check.names=F)`: 这行代码使用`read.table`函数从表达数据文件中读取数据到一个数据框`rt`中。`sep="\t"`表示使用制表符作为分隔符,`header=T`表示第一行是列名,`check.names=F`表示不检查列名的合法性。
5. `rt=as.matrix(rt)`: 这行代码将数据框`rt`转换为矩阵。
6. `rownames(rt)=rt[,1]`: 这行代码将矩阵`rt`的第一列作为行名。
7. `exp=rt[,2:ncol(rt)]`: 这行代码从矩阵`rt`中抽取第2列到最后一列的数据,存储在一个新的矩阵`exp`中。
8. `dimnames=list(rownames(exp),colnames(exp))`: 这行代码为矩阵`exp`设置行名和列名。
9. `data=matrix(as.numeric(as.matrix(exp)),nrow=nrow(exp),dimnames=dimnames)`: 这行代码将矩阵`exp`转换为数值矩阵,并设置行名和列名。
10. `data=avereps(data)`: 这行代码调用了自定义的函数`avereps`,根据函数名推测,可能是用来计算数据的平均值。
11. `data=data[rowMeans(data)>0,]`: 这行代码根据行的平均值筛选数据,只保留平均值大于0的行。
12. `setwd("D:\\TCGA\\Fer\\10.tcgaMergeTime")`: 这行代码将当前工作目录设置为"D:\\TCGA\\Fer\\10.tcgaMergeTime",即将工作目录切换到指定目录。
13. `data = read.table("tcga.FRGexp.txt",sep="\t",header=TRUE,row.names=1)`: 这行代码再次从"tcga.FRGexp.txt"文件中读取数据,并存储在一个新的数据框`data`中。
14. `group=sapply(strsplit(colnames(data),"\\-"),"[",4)`: 这行代码使用`strsplit`函数将列名按照"-"进行分割,然后选择分割后的第四个元素。`sapply`函数将这个操作应用到每个列名上,并返回一个向量。
15. `group=sapply(strsplit(group,""),"[",1)`: 这行代码将`group`向量中每个元素按照空字符串进行分割,然后选择分割后的第一个元素。同样地,`sapply`函数将这个操作应用到每个元素上,并返回一个向量。
16. `group=gsub("2","1",group)`: 这行代码使用`gsub`函数将`group`向量中的所有"2"替换为"1"。
17. `data=data[,group==0]`: 这行代码根据条件筛选数据,只保留`group`向量中值为0的列。
18. `colnames(data)=gsub("(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-(.*?)\\-.*","\\1\\-\\2\\-\\3",colnames(data))`: 这行代码使用正则表达式对列名进行替换。它将匹配到的内容替换为第1、2、3个括号中的内容,并将结果赋值给列名。
19. `data=t(data)`: 这行代码将数据矩阵进行转置,使得行变为列,列变为行。
20. `data=avereps(data)`: 这行代码再次调用自定义的函数`avereps`,可能是用来计算数据的平均值。
请确认以上理解是否正确,并告诉我接下来有什么其他问题或需求。
cell.getCellType() == CellType.NUMERIC || cell.getCellType() == CellType.FORMULA
根据提供的引用内容,当我们需要判断一个单元格的数据类型是否是数字类型或者公式类型时,可以使用以下方式进行判断:
if (cell.getCellType() == CellType.NUMERIC || cell.getCellType() == CellType.FORMULA) {
// 处理数字类型或者公式类型的逻辑
}
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