请用Lammps编写一个石墨烯拉伸的in文件,拉伸方式为deform拉伸

时间: 2023-03-14 13:51:22 浏览: 308
很高兴为您提供帮助!下面是一个可用于Lammps编写石墨烯拉伸的in文件的示例:# 石墨烯拉伸clear units metal atom_style atomic boundary p p p# 基本参数lattice sc 1.42# 力场参数pair_style buck/coul/long 10 pair_coeff 1 1 0.11698 1.8897# 初始化read_data graphene.data# 拉伸参数region box block 0 5 0 5 0 5 displace_atoms region box move 0.1 0 0# 模拟设置velocity all create 300.0 87287 thermo_style custom step temp thermo 10 timestep 0.001# 力场pair_modify shift yes# 拉伸fix 1 all deform 1 x erate 0.0025 0.0 0.0 units box remap x# 模拟run 10000# 输出write_data stretched_graphene.data
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lammps分子动力学拉伸模拟的in文件例子

Lammps是一个功能强大的分子动力学模拟软件,它可以对物质的力学、热学和物理化学性质进行仿真计算。通过Lammps的in文件配置,用户能够轻松地定义和运行分子动力学模拟。 以下是一份Lammps分子动力学拉伸模拟的in文件例子,供参考: # 定义体系 units metal dimension 3 boundary p p p atom_style atomic # 计算域定义 lattice fcc 3.615 orient x 1 0 0 orient y 0 1 0 orient z 0 0 1 region whole block 0 20 0 20 0 20 create_box 1 whole create_atoms 1 box # 定义原子间相互作用模型 pair_style eam/alloy pair_coeff * * Al99.eam.alloy Al # 定义拉伸模拟参数 neighbor 2.0 bin neigh_modify delay 5 fix 1 all nvt temp 300.0 300.0 0.1 fix 2 all deform 1 x scale 1.002 yz scale 0.998 timestep 0.001 thermo 500 # 定义输出 dump id all atom 100 dump.lammpstrj dump_modify id sort id run 5000 在这份例子中,我们首先定义了计算系统的单位和维度,然后通过定义晶体结构和原子间相互作用模型创建了计算域。接着,我们定义了拉伸模拟的运动伦理模型和参数,包括应变速率、温度等。最后定义了输出,即每隔500步输出一次结果。 在实际应用中,用户可以根据需要对这份in文件进行修改和优化,以达到更好的计算效果。

lammps水在石墨烯

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好的,根据上面的目标函数,我们可以推导出其对应的梯度向量函数,如下所示: def gradient(x, y, beta): """ Compute gradient of the logistic regression loss function :param beta: model parameter vector :param x: feature matrix :param y: label vector :return: gradient vector """ n = x.shape[0] pred = 1 /
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