essential bioinformatics pdf

时间: 2023-05-10 13:49:52 浏览: 117
Essential bioinformatics 是一本精要的生物信息学指南,以易于理解为核心,同时从基础科学角度系统介绍了不同的生物信息学工具和应用程序。无论是从基础概念到不同领域的应用程序,或者从理论知识到实用工具,本书都为初学者和专业人士提供了必要的支持。 本书的第一章始于对生物信息学的概括性介绍。其中包括着重强调生物信息学的重要性,起源以及生物信息学在现代生命科学中的巨大用处。之后,本书开始进入最基本的生物信息学知识,例如基本统计学和计算机科学概念。本书使用完整的编程语言,例如Perl和Python,旨在提供科学方法和和不同编程语言的基本概念入门。 随着本书各章节的不断深入,读者逐渐了解生物信息学中不同的算法和应用程序。例如,DNA序列分析,RNA的翻译和比较分析,功能注释以及药物发现等。更进一步地,本书还包括描述元基因组分析和系统生物学中高级数据整合策略的章节。 总之,Essential bioinformatics是一本全面介绍生物信息学的书籍。本书吸引了科学家和从事基因组学或其他生命科学研究的人。同时,它也被视为一些生物信息学课程的重要参考书。如果你是想要开始涉足生物信息学领域,或者是要深入研究生物信息学,并利用这些工具为科学研究做出贡献的专业人士,这本书是你不可错过的“圣经”。
相关问题

Bioinformatics期刊

有很多期刊都涵盖了生物信息学领域的研究。以下是一些广为认可的生物信息学期刊: 1. Bioinformatics:这是一个专门发布生物信息学研究的领域顶级期刊,涵盖了生物信息学方法、算法、工具和应用的各个方面。 2. Nucleic Acids Research(NAR):这是一个专注于核酸研究的综合性期刊,其中包括了许多与生物信息学相关的研究论文。 3. PLOS Computational Biology:这是一个开放获取的期刊,涵盖了计算生物学和生物信息学领域的研究。 4. BMC Bioinformatics:这是一个开放获取的期刊,专注于生物信息学和计算生物学的研究。 5. Briefings in Bioinformatics:这是一个发表综述和评论文章的期刊,涵盖了生物信息学和计算生物学的前沿研究和应用。 这只是一小部分生物信息学期刊的例子,还有许多其他期刊也发表了相关领域的研究。选择期刊时,可以根据自己的研究方向和目标读者群来决定最合适的期刊。

python for bioinformatics chapman & hall/crc pdf

《Python for Bioinformatics》是由Jason Kinser撰写的一本Python编程指南,专门针对生物信息学领域的应用而设计。这本书旨在帮助生物信息学家和研究人员利用Python语言解决生物信息学中的问题。 《Python for Bioinformatics》首先介绍了Python的基础知识和编程基本概念,如变量、数据类型、条件语句和循环等。然后,书中详细介绍了Python在生物信息学中的应用,包括生物序列的处理、生物数据库的访问、生物图像的分析和基因组学数据的分析等。 这本书的特色之一是通过实际案例和示例代码来帮助读者理解和掌握Python编程在生物信息学中的应用。每个章节都会提供一些具体的问题和挑战,读者可以通过编程来解决这些问题并加深对生物信息学的理解。此外,书中还包含了一些常见的生物信息学算法和工具的实现代码,读者可以直接使用或根据需要进行修改和扩展。 《Python for Bioinformatics》适合具有基本编程知识和理解生物信息学概念的读者阅读。这本书不仅适用于生物信息学领域的初学者,也适合那些已有一定编程经验但想要进一步掌握Python在生物信息学中应用的读者。通过阅读这本书,读者将学会如何使用Python编写高效、可靠和易于维护的生物信息学程序,并能够应用这些技能解决实际生物信息学问题。

相关推荐

精简下面表达:Existing protein function prediction methods integrate PPI networks and multivariate bioinformatics data to improve the performance of function prediction. By combining multivariate information, the interactions between proteins become diverse. Different interactions’ functions in functional prediction are various. Combining multiple interactions simply between two proteins can effectively reduce the effect of false negatives and increase the number of predicted functions, but it can also increase the number of false positive functions, which contribute to nonobvious enhancement for the overall functional prediction performance. In this article, we have presented a framework for protein function prediction algorithms based on PPI network and semantic similarity with the addition of protein hierarchical functions to them. The framework relies on diverse clustering algorithms and the calculation of protein semantic similarity for protein function prediction. Classification and similarity calculations for protein pairs clustered by the functional feature are more accurate and reliable, allowing for the prediction of protein function at different functional levels from different proteomes, and giving biological applications greater flexibility.The method proposed in this paper performs well on protein data from wine yeast cells, but how well it matches other data remains to be verified. Yet until now, most unknown proteins have only been able to predict protein function by calculating similarities to their homologues. The predictions result of those unknown proteins without homologues are unstable because they are relatively isolated in the protein interaction network. It is difficult to find one protein with high similarity. In the framework proposed in this article, the number of features selected after clustering and the number of protein features selected for each functional layer has a significant impact on the accuracy of subsequent functional predictions. Therefore, when making feature selection, it is necessary to select as many functional features as possible that are important for the whole interaction network. When an incorrect feature was selected, the prediction results will be somewhat different from the actual function. Thus as a whole, the method proposed in this article has improved the accuracy of protein function prediction based on the PPI network method to a certain extent and reduces the probability of false positive prediction results.

最新推荐

recommend-type

RTL8188FU-Linux-v5.7.4.2-36687.20200602.tar(20765).gz

REALTEK 8188FTV 8188eus 8188etv linux驱动程序稳定版本, 支持AP,STA 以及AP+STA 共存模式。 稳定支持linux4.0以上内核。
recommend-type

管理建模和仿真的文件

管理Boualem Benatallah引用此版本:布阿利姆·贝纳塔拉。管理建模和仿真。约瑟夫-傅立叶大学-格勒诺布尔第一大学,1996年。法语。NNT:电话:00345357HAL ID:电话:00345357https://theses.hal.science/tel-003453572008年12月9日提交HAL是一个多学科的开放存取档案馆,用于存放和传播科学研究论文,无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构,也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaire
recommend-type

爬虫与大数据分析:挖掘数据价值,洞察趋势

![python网站爬虫技术实战](https://img-blog.csdnimg.cn/20181107141901441.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow_10,text_aHR0cHM6Ly9ibG9nLmNzZG4ubmV0L2hpaGVsbA==,size_16,color_FFFFFF,t_70) # 1. 爬虫基础与技术** 爬虫,又称网络蜘蛛,是一种自动化的程序,用于从互联网上抓取数据。其工作原理是模拟浏览器行为,通过发送请求并解析响应来获取网页内容。 爬虫技术涉及多种技术,
recommend-type

解释一下下面每句话的含义@RequestMapping(value = "gcGl") public String gcGl(Gcgl gcGl, Model model) { List<Gcgl> list = gcglService.findList(gcGl); if (list!=null&&list.size()>0) { model.addAttribute("gcGl", list.get(0)); }else { model.addAttribute("gcGl", gcGl); } return "modules/tjxx/gc08glForm"; }

这段代码是一个Java方法,用于处理HTTP请求,具体含义如下: - @RequestMapping(value = "gcGl"):这是一个注解,表示该方法会处理名为"gcGl"的请求,即当用户访问该请求时,会调用该方法。 - public String gcGl(Gcgl gcGl, Model model):这是方法的声明,它有两个参数:一个是Gcgl类型的gcGl,另一个是Model类型的model。方法的返回值是一个字符串类型。 - List<Gcgl> list = gcglService.findList(gcGl):这行代码调用了一个名为findList的方法,该方法接受一个
recommend-type

c++校园超市商品信息管理系统课程设计说明书(含源代码) (2).pdf

校园超市商品信息管理系统课程设计旨在帮助学生深入理解程序设计的基础知识,同时锻炼他们的实际操作能力。通过设计和实现一个校园超市商品信息管理系统,学生掌握了如何利用计算机科学与技术知识解决实际问题的能力。在课程设计过程中,学生需要对超市商品和销售员的关系进行有效管理,使系统功能更全面、实用,从而提高用户体验和便利性。 学生在课程设计过程中展现了积极的学习态度和纪律,没有缺勤情况,演示过程流畅且作品具有很强的使用价值。设计报告完整详细,展现了对问题的深入思考和解决能力。在答辩环节中,学生能够自信地回答问题,展示出扎实的专业知识和逻辑思维能力。教师对学生的表现予以肯定,认为学生在课程设计中表现出色,值得称赞。 整个课程设计过程包括平时成绩、报告成绩和演示与答辩成绩三个部分,其中平时表现占比20%,报告成绩占比40%,演示与答辩成绩占比40%。通过这三个部分的综合评定,最终为学生总成绩提供参考。总评分以百分制计算,全面评估学生在课程设计中的各项表现,最终为学生提供综合评价和反馈意见。 通过校园超市商品信息管理系统课程设计,学生不仅提升了对程序设计基础知识的理解与应用能力,同时也增强了团队协作和沟通能力。这一过程旨在培养学生综合运用技术解决问题的能力,为其未来的专业发展打下坚实基础。学生在进行校园超市商品信息管理系统课程设计过程中,不仅获得了理论知识的提升,同时也锻炼了实践能力和创新思维,为其未来的职业发展奠定了坚实基础。 校园超市商品信息管理系统课程设计的目的在于促进学生对程序设计基础知识的深入理解与掌握,同时培养学生解决实际问题的能力。通过对系统功能和用户需求的全面考量,学生设计了一个实用、高效的校园超市商品信息管理系统,为用户提供了更便捷、更高效的管理和使用体验。 综上所述,校园超市商品信息管理系统课程设计是一项旨在提升学生综合能力和实践技能的重要教学活动。通过此次设计,学生不仅深化了对程序设计基础知识的理解,还培养了解决实际问题的能力和团队合作精神。这一过程将为学生未来的专业发展提供坚实基础,使其在实际工作中能够胜任更多挑战。
recommend-type

"互动学习:行动中的多样性与论文攻读经历"

多样性她- 事实上SCI NCES你的时间表ECOLEDO C Tora SC和NCESPOUR l’Ingén学习互动,互动学习以行动为中心的强化学习学会互动,互动学习,以行动为中心的强化学习计算机科学博士论文于2021年9月28日在Villeneuve d'Asq公开支持马修·瑟林评审团主席法布里斯·勒菲弗尔阿维尼翁大学教授论文指导奥利维尔·皮耶昆谷歌研究教授:智囊团论文联合主任菲利普·普雷教授,大学。里尔/CRISTAL/因里亚报告员奥利维耶·西格德索邦大学报告员卢多维奇·德诺耶教授,Facebook /索邦大学审查员越南圣迈IMT Atlantic高级讲师邀请弗洛里安·斯特鲁布博士,Deepmind对于那些及时看到自己错误的人...3谢谢你首先,我要感谢我的两位博士生导师Olivier和Philippe。奥利维尔,"站在巨人的肩膀上"这句话对你来说完全有意义了。从科学上讲,你知道在这篇论文的(许多)错误中,你是我可以依
recommend-type

爬虫性能优化:让爬虫跑得更快,更稳

![爬虫性能优化:让爬虫跑得更快,更稳](https://img-blog.csdnimg.cn/20190615235856212.png?x-oss-process=image/watermark,type_ZmFuZ3poZW5naGVpdGk,shadow_10,text_aHR0cHM6Ly9pY29kZS5ibG9nLmNzZG4ubmV0,size_16,color_FFFFFF,t_70) # 1.1 集中式与分布式爬虫架构 **集中式爬虫架构:** * 所有爬虫组件(爬虫、调度器、存储)集中在一个服务器上。 * 优点:简单易用,成本低。 * 缺点:扩展性差,并发度受限,易
recommend-type

用ldap方式访问AD域的的错误解释

LDAP(轻型目录访问协议)是一种用于访问目录服务的协议,AD域是一个常用的目录服务。在使用LDAP方式访问AD域时,可能会出现以下错误: 1. 连接失败:这可能是由于AD域服务器不可用、网络连接问题或身份验证失败引起的。可以检查网络连接、AD域服务器状态和LDAP身份验证设置来解决此问题。 2. 认证错误:这可能是由于用户名或密码不正确、连接到LDAP服务器的方式不正确或用户没有足够的权限引起的。可以检查用户名和密码是否正确、连接方式是否正确以及用户所属组的权限是否足够来解决此问题。 3. 返回错误代码:LDAP服务器可能会返回一些错误代码,例如“无效的参数”、“服务器内部错误”等。可
recommend-type

建筑供配电系统相关课件.pptx

建筑供配电系统是建筑中的重要组成部分,负责为建筑内的设备和设施提供电力支持。在建筑供配电系统相关课件中介绍了建筑供配电系统的基本知识,其中提到了电路的基本概念。电路是电流流经的路径,由电源、负载、开关、保护装置和导线等组成。在电路中,涉及到电流、电压、电功率和电阻等基本物理量。电流是单位时间内电路中产生或消耗的电能,而电功率则是电流在单位时间内的功率。另外,电路的工作状态包括开路状态、短路状态和额定工作状态,各种电气设备都有其额定值,在满足这些额定条件下,电路处于正常工作状态。而交流电则是实际电力网中使用的电力形式,按照正弦规律变化,即使在需要直流电的行业也多是通过交流电整流获得。 建筑供配电系统的设计和运行是建筑工程中一个至关重要的环节,其正确性和稳定性直接关系到建筑物内部设备的正常运行和电力安全。通过了解建筑供配电系统的基本知识,可以更好地理解和应用这些原理,从而提高建筑电力系统的效率和可靠性。在课件中介绍了电工基本知识,包括电路的基本概念、电路的基本物理量和电路的工作状态。这些知识不仅对电气工程师和建筑设计师有用,也对一般人了解电力系统和用电有所帮助。 值得一提的是,建筑供配电系统在建筑工程中的重要性不仅仅是提供电力支持,更是为了确保建筑物的安全性。在建筑供配电系统设计中必须考虑到保护装置的设置,以确保电路在发生故障时及时切断电源,避免潜在危险。此外,在电气设备的选型和布置时也需要根据建筑的特点和需求进行合理规划,以提高电力系统的稳定性和安全性。 在实际应用中,建筑供配电系统的设计和建设需要考虑多个方面的因素,如建筑物的类型、规模、用途、电力需求、安全标准等。通过合理的设计和施工,可以确保建筑供配电系统的正常运行和安全性。同时,在建筑供配电系统的维护和管理方面也需要重视,定期检查和维护电气设备,及时发现和解决问题,以确保建筑物内部设备的正常使用。 总的来说,建筑供配电系统是建筑工程中不可或缺的一部分,其重要性不言而喻。通过学习建筑供配电系统的相关知识,可以更好地理解和应用这些原理,提高建筑电力系统的效率和可靠性,确保建筑物内部设备的正常运行和电力安全。建筑供配电系统的设计、建设、维护和管理都需要严谨细致,只有这样才能确保建筑物的电力系统稳定、安全、高效地运行。
recommend-type

关系数据表示学习

关系数据卢多维奇·多斯桑托斯引用此版本:卢多维奇·多斯桑托斯。关系数据的表示学习机器学习[cs.LG]。皮埃尔和玛丽·居里大学-巴黎第六大学,2017年。英语。NNT:2017PA066480。电话:01803188HAL ID:电话:01803188https://theses.hal.science/tel-01803188提交日期:2018年HAL是一个多学科的开放存取档案馆,用于存放和传播科学研究论文,无论它们是否被公开。论文可以来自法国或国外的教学和研究机构,也可以来自公共或私人研究中心。L’archive ouverte pluridisciplinaireUNIVERSITY PIERRE和 MARIE CURIE计算机科学、电信和电子学博士学院(巴黎)巴黎6号计算机科学实验室D八角形T HESIS关系数据表示学习作者:Ludovic DOS SAntos主管:Patrick GALLINARI联合主管:本杰明·P·伊沃瓦斯基为满足计算机科学博士学位的要求而提交的论文评审团成员:先生蒂埃里·A·退休记者先生尤尼斯·B·恩