已知15组样本的log2(cpm+1), 每组5-6个生物学重复,样本表达矩阵和分组信息分别保存在2个txt中,计算样本的斯皮尔曼相关系数,并将结果可视化,R语言代码
时间: 2024-03-07 18:47:20 浏览: 113
假设样本表达矩阵保存在"expr_matrix.txt"文件中,分组信息保存在"group_info.txt"文件中,可以使用以下R语言代码计算样本的斯皮尔曼相关系数并可视化:
```R
# 加载所需的库
library(ggplot2)
library(reshape2)
# 读取样本表达矩阵和分组信息
expr_matrix <- read.table("expr_matrix.txt", header = TRUE, row.names = 1)
group_info <- read.table("group_info.txt", header = TRUE)
# 计算斯皮尔曼相关系数
corr_matrix <- cor(expr_matrix, method = "spearman")
# 将相关系数矩阵转化为长格式
corr_long <- melt(corr_matrix)
# 将行列名添加到数据框中
corr_long$Var1 <- rownames(corr_matrix)[corr_long$Var1]
corr_long$Var2 <- rownames(corr_matrix)[corr_long$Var2]
# 绘制相关系数热图
ggplot(corr_long, aes(Var1, Var2, fill = value)) +
geom_tile() +
scale_fill_gradient2(low = "blue", mid = "white", high = "red", midpoint = 0) +
theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1)) +
labs(title = "Spearman Correlation Heatmap", x = "", y = "") +
theme(plot.title = element_text(hjust = 0.5))
```
其中,`melt`函数用于将相关系数矩阵转化为长格式,方便后续可视化处理。打印出的热图即为样本的斯皮尔曼相关系数热图。
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