我有一个形状是(307,16992)的交通数据集,我现在已经把它变成了形状为(7,1358,12,307,2)的交通数据集,其中7是槽的数量,307是交通传感器节点个数。0维是速度特征,1维是根据邻接矩阵划分的度。我现在想利用GAT作为VAE的编码器,对度一致的节点计算注意力系数,这个pytorch代码怎么写?另外,我需要构造一个3层MLP来作为另一编码器,对每个槽中的数据计算隐变量,这个代码又该怎么写?注意力网络那边用点注意力机制,我的数据集太大了,经常出现killed的情况,但是我不知道怎么修改?我该怎么成功运行并且避免内存爆炸的情况?请给我一个能成功运行的实例,且避免killed和内存爆炸的实例代码 pytorch

时间: 2023-12-11 18:02:04 浏览: 25
首先,关于利用GAT作为VAE的编码器,对度一致的节点计算注意力系数的代码,可以参考以下代码: ```python import torch import torch.nn as nn import torch.nn.functional as F from torch_geometric.nn import GATConv class GATEncoder(nn.Module): def __init__(self, in_channels, out_channels, heads, num_layers): super(GATEncoder, self).__init__() self.conv_layers = nn.ModuleList() self.conv_layers.append(GATConv(in_channels, out_channels, heads=heads)) for i in range(num_layers - 1): self.conv_layers.append(GATConv( out_channels * heads, out_channels, heads=heads)) def forward(self, x, edge_index): for conv in self.conv_layers: x = F.elu(conv(x, edge_index)) return x ``` 这里我们使用了PyTorch Geometric中的GATConv来实现GAT。`in_channels`表示输入特征的维度,`out_channels`表示输出特征的维度,`heads`表示头数,`num_layers`表示层数。在forward函数中,我们通过多层GATConv对输入特征进行编码。 接下来是构造MLP作为另一编码器的代码: ```python class MLPEncoder(nn.Module): def __init__(self, input_dim, hidden_dim, latent_dim): super(MLPEncoder, self).__init__() self.fc1 = nn.Linear(input_dim, hidden_dim) self.fc2 = nn.Linear(hidden_dim, latent_dim) self.fc3 = nn.Linear(hidden_dim, latent_dim) def forward(self, x): x = F.relu(self.fc1(x)) mu = self.fc2(x) log_var = self.fc3(x) return mu, log_var ``` 这里我们构造了一个三层的MLP,其中输入维度为`input_dim`,隐藏层维度为`hidden_dim`,输出维度为`latent_dim`。在forward函数中,我们通过两个全连接层和一个ReLU激活函数对输入特征进行编码,并输出均值和方差。 关于避免内存爆炸的问题,可以考虑以下几点: 1. 使用分批训练:将数据集分成多个batch,每个batch只加载一部分数据进行训练。 2. 降低batch size:减小每个batch的大小,可以降低内存占用。 3. 减小模型大小:可以减小模型的参数数量或使用轻量级模型来减少内存占用。 4. 使用GPU:使用GPU可以加速计算,并且可以处理更大的数据集。 下面是一个简单的示例代码,使用GAT和MLP对交通数据进行编码和解码: ```python import torch import torch.nn as nn import torch.nn.functional as F from torch_geometric.nn import GATConv class GATEncoder(nn.Module): def __init__(self, in_channels, out_channels, heads, num_layers): super(GATEncoder, self).__init__() self.conv_layers = nn.ModuleList() self.conv_layers.append(GATConv(in_channels, out_channels, heads=heads)) for i in range(num_layers - 1): self.conv_layers.append(GATConv( out_channels * heads, out_channels, heads=heads)) def forward(self, x, edge_index): for conv in self.conv_layers: x = F.elu(conv(x, edge_index)) return x class MLPEncoder(nn.Module): def __init__(self, input_dim, hidden_dim, latent_dim): super(MLPEncoder, self).__init__() self.fc1 = nn.Linear(input_dim, hidden_dim) self.fc2 = nn.Linear(hidden_dim, latent_dim) self.fc3 = nn.Linear(hidden_dim, latent_dim) def forward(self, x): x = F.relu(self.fc1(x)) mu = self.fc2(x) log_var = self.fc3(x) return mu, log_var class Decoder(nn.Module): def __init__(self, latent_dim, output_dim): super(Decoder, self).__init__() self.fc1 = nn.Linear(latent_dim, 256) self.fc2 = nn.Linear(256, 512) self.fc3 = nn.Linear(512, output_dim) def forward(self, z): z = F.relu(self.fc1(z)) z = F.relu(self.fc2(z)) x = self.fc3(z) return x class GVAE(nn.Module): def __init__(self, in_channels, out_channels, heads, num_layers, input_dim, hidden_dim, latent_dim): super(GVAE, self).__init__() self.encoder = GATEncoder(in_channels, out_channels, heads, num_layers) self.mlp_encoder = MLPEncoder(input_dim, hidden_dim, latent_dim) self.decoder = Decoder(latent_dim, input_dim) def reparameterize(self, mu, log_var): std = torch.exp(0.5*log_var) eps = torch.randn_like(std) return mu + eps*std def forward(self, x, edge_index): x = self.encoder(x, edge_index) x = x.mean(dim=1) mu, log_var = self.mlp_encoder(x) z = self.reparameterize(mu, log_var) x_hat = self.decoder(z) return x_hat, mu, log_var device = torch.device('cuda' if torch.cuda.is_available() else 'cpu') model = GVAE(in_channels=2, out_channels=64, heads=4, num_layers=2, input_dim=307*2, hidden_dim=256, latent_dim=32).to(device) optimizer = torch.optim.Adam(model.parameters(), lr=1e-3) # 以下是训练代码,需要根据自己的数据集进行修改 for epoch in range(num_epochs): for batch in data_loader: batch = batch.to(device) optimizer.zero_grad() x_hat, mu, log_var = model(batch.x.float(), batch.edge_index) recon_loss = F.mse_loss(x_hat, batch.x.float(), reduction='sum') kl_loss = -0.5 * torch.sum(1 + log_var - mu.pow(2) - log_var.exp()) loss = recon_loss + kl_loss loss.backward() optimizer.step() ```

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