linux批量blast

在Linux系统下进行批量blast（序列比对）的方法有多种。其中一种简单且常用的方法是使用脚本和命令行工具。

首先，需要准备好待比对的序列文件和数据库。然后，创建一个文本文件，将每个待比对的序列文件名逐行输入到该文件中。

接下来，可以使用一个循环遍历文件的脚本，例如使用bash语言编写脚本。通过在终端中运行该脚本，可以逐个将序列文件输入到blast命令中进行比对。

脚本的示例如下：

#!/bin/bash

input_file="file_list.txt" # 包含待比对序列文件名的文本文件
database="blastdb" # blast使用的数据库
output_folder="output" # 输出结果的文件夹

mkdir -p $output_folder # 创建输出文件夹

while IFS= read -r file
do
  output_file="${file%%.*}.blast" # 使用原文件名作为输出文件名
  blastn -query "$file" -db "$database" -out "$output_folder/$output_file" # 执行blast命令
done < "$input_file"

在终端中运行该脚本，即可进行批量blast。比对结果将会输出到指定的输出文件夹中，并命名为相应的序列文件名加上扩展名".blast"。

该方法可以同时处理大量的序列文件，提高效率和便捷性。同时，可以根据需要调整blast命令的参数和输出结果的格式，满足不同的需求。

相关问题

linux用for和echo批量抓取https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/中包含01 02 03 04 05..数值的链接

在Linux中，你可以使用`wget`命令配合`for`循环和正则表达式来批量下载指定网站上包含数字"01", "02", "03", ..., 的链接。假设你想获取所有以"/db/"结尾并且包含连续数字的URL，可以这样做：

首先，创建一个临时文件，用于存储需要下载的URL：

#!/bin/bash

# 创建一个临时文件，用于存储找到的URLs
output_file="ncbi_urls.txt"
touch "$output_file"

# 使用for循环遍历从1到你需要的数字范围
for i in {1..n}; do
    # 使用wget -O - --reject="index.html*" 获取当前数字对应的页面内容，并筛选出所需链接
    urls=$(wget -O - --reject="index.html*" "https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/?term=0$i" | grep -oP "https:\/\/ftp.ncbi.nlm.nih.gov\/blast\/db\/[^"]+")
    
    # 将筛选出的链接追加到output_file
    echo "$urls" >> "$output_file"
done

# 使用curl批量下载这些URL（如果wget不支持）
# 如果wget不支持，可以用下面的curl替换上面的wget
# curl -L --silent -i -O --remote-name $(cat $output_file) > /dev/null

# 提示：确保你有足够的权限并监控网络状况，因为这个操作可能会下载大量数据

注意，这里假设`n`是你想要查找的最大数字。将`{1..n}`替换为你实际需要的数字范围。

执行上述脚本前，请检查你的环境是否支持`wget`，如果不支持，可以使用`curl`替代。完成后，查看`ncbi_urls.txt`文件即可看到下载的链接列表。