在HP格点模型中,蛋白质由疏水氨基酸(Hydrophobic,简记为H)和亲水氨基酸(Polar,简记为P)组成。氨基酸序列用HP字符串表示,如HPHPPHHPHPPHPHHPPHHH。现将给定的氨基酸序列摆放在二维单位正方形网格格点上,使之形成自回避路径,即氨基酸序列中的共价键不能被打断,每个氨基酸占据一个格点,且一个格点不能被两个氨基酸同时占用,并且称该模型为平面格点模型。将在链上不相邻但在平面中相邻的两个疏水氨基酸H之间的能量E定义为-1(并称此时两个疏水氨基酸形成一个黑切点),其它情况定义为0。对于一个含有N个氨基酸的序列,蛋白质折叠问题就是要找出氨基酸序列的最低能量构形,显然,构形的黑切点数=|E|。解给定的蛋白质序列HPHPPHHPHPPHPHHPPHPH在HP格点模型上的最低能量构形,并画出来HP格点模型,用黑色代表H,白色代表P。
时间: 2023-06-24 14:06:37 浏览: 71
根据题意,可以将HP字符串对应到二维平面中的格点上,其中H对应黑色格点,P对应白色格点。同时,在格点上任选两个相邻的黑色格点,其之间的能量为-1。因此,最低能量构形就是尽可能让黑色格点之间的数量最少的构形。
下面是该序列的最低能量构形及其黑切点数为6:
```
H P H P P H H P H P P H P H H P P H H
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其中,◼︎代表黑色格点,◻︎代表白色格点。该构形的黑切点数为6。
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