跨膜区即蛋白质序列中跨越细胞膜的区域，通常为α-螺旋结构，约20个氨基酸残基，构成跨膜区蛋白的氨基酸大部分是疏水性氨基酸（V、I、L、M、F、W、C）。编写Python程序，基于蛋白质局部片段中疏水性氨基酸的比例高低，从命令行接受文件名和阈值作为参数，预测膜蛋白的跨膜区，输出为FASTA格式，其中跨膜区氨基酸用大写表示，其他区域用小写表示。应下载一些膜蛋白的氨基酸序列（FASTA格式），进行预测结果的测试。

好的，根据您的要求，我会回答您的问题并编写Python程序来预测膜蛋白的跨膜区。

首先回答您的问题：跨膜区是指蛋白质序列中跨越细胞膜的区域，通常由α-螺旋结构组成，其中绝大部分氨基酸是疏水性氨基酸，如V、I、L、M、F、W、C等。这些疏水性氨基酸有利于跨越细胞膜。

接下来我会编写Python程序，实现从命令行接收文件名和阈值作为参数，基于疏水性氨基酸的比例高低来预测膜蛋白的跨膜区，并将输出格式为FASTA格式。

import sys

# 获取输入的文件名和阈值
filename = sys.argv[1]
threshold = float(sys.argv[2])

# 打开文件，读取蛋白质序列
with open(filename, 'r') as f:
    protein = ''.join([line.strip() for line in f.readlines()[1:]])

# 判断每个氨基酸是不是疏水性氨基酸
hydrophobic_aa = set(['V', 'I', 'L', 'M', 'F', 'W', 'C'])
is_hydrophobic = [aa in hydrophobic_aa for aa in protein]
length = len(is_hydrophobic)

# 统计连续的疏水性氨基酸的长度
current_count = 0
hydrophobic_count = []
for i in range(length):
    if is_hydrophobic[i]:
        current_count += 1
    else:
        if current_count > 0:
            hydrophobic_count.append(current_count)
            current_count = 0
if current_count > 0:
    hydrophobic_count.append(current_count)

# 根据阈值判断每一段是否为跨膜区
is_transmembrane = []
for count in hydrophobic_count:
    if count / length >= threshold:
        is_transmembrane += [True] * count
    else:
        is_transmembrane += [False] * count

# 输出FASTA格式
print('>predicted')
for i in range(length):
    if is_transmembrane[i]:
        print(protein[i].upper(), end='')
    else:
        print(protein[i].lower(), end='')
    if i % 60 == 59:
        print('')
print('')

这个程序首先获取输入的文件名和阈值，然后打开文件，将蛋白质序列读入并判断每个氨基酸是否为疏水性氨基酸。接下来统计连续的疏水性氨基酸的长度，并根据阈值判断每一段是否为跨膜区。最后将预测结果输出为FASTA格式。

您需要将这个程序保存为一个Python文件，然后在命令行中输入以下命令来运行程序，其中filename是蛋白质序列文件的路径，threshold是阈值。

python predict_transmembrane.py filename threshold

您需要下载一些膜蛋白的氨基酸序列（FASTA格式），进行预测结果的测试。