RuntimeError: found difference in connectivity
时间: 2024-01-10 08:02:59 浏览: 35
这个错误通常是由于计算中出现了错误的原子连接方式造成的,比如两个原子之间的键长不符合预期。这可能是由于输入数据中原子位置或键长的误差或不准确性引起的,或者是由于计算方法或参数的问题引起的。您可以尝试检查输入数据中原子和键的位置和长度是否正确,或者尝试使用不同的计算方法和参数进行计算,以解决这个问题。如果您需要更具体的帮助,请提供更多的信息,例如出现问题的具体情况、计算的具体细节等。
相关问题
修改RuntimeError: found difference in connectivity。import spdkit from spdkit import * m1 = Molecule.from_file("POSCAR1") m2 = Molecule.from_file("POSCAR2") dis = m1.disparity_between(m2) m1.rebond() m1.rebond() rmsd = m1.resemble_rigidly(m2) print(rmsd)
这个错误通常是由于分子之间的连接方式不一致导致的。在计算 RMSD 值之前,需要确保两个分子具有相同的连接方式。您可以尝试以下修改:
```python
import spdkit
from spdkit import *
# 读取分子文件
m1 = Molecule.from_file("POSCAR1")
m2 = Molecule.from_file("POSCAR2")
# 重新确定原子之间的连接方式
m1.rebond()
m2.rebond()
# 检查分子之间的差异性
dis = m1.disparity_between(m2)
if dis:
# 如果分子之间存在差异性,则修正分子的连接方式
m1.fix_bonds(m2.get_bonds())
# 计算 RMSD 值
rmsd = m1.resemble_rigidly(m2)
print(rmsd)
```
这里使用 `fix_bonds` 函数修正分子的连接方式,如果两个分子之间存在差异性,则将第一个分子的连接方式更新为第二个分子的连接方式。然后再计算 RMSD 值。
RuntimeError: Found dtype Long but expected Float
这个错误通常出现在使用PyTorch时,它提示您在代码中使用了Long类型的数据,但是您预期应该使用Float类型的数据。这可能是由于您的代码中存在一些类型转换问题,或者是由于您的模型参数或输入数据类型不匹配导致的。建议您检查您的代码,确保所有的张量(tensor)都采用正确的数据类型,并且确保您的模型参数和输入数据类型匹配。如果您无法确定错误的具体原因,请提供更多的上下文信息,以便我能够更好地帮助您解决问题。
相关推荐
![pdf](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083512.png)
![pdf](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083512.png)
![pdf](https://img-home.csdnimg.cn/images/20210720083512.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)
![](https://csdnimg.cn/download_wenku/file_type_ask_c1.png)