ASE根据POSCAR中C原子位置的分布情况,计算两个POSCAR结构的结构相似性,要求具体代码
时间: 2024-03-04 09:49:29 浏览: 156
结构相似性:ssim代码
ASE可以通过计算两个结构之间的距离矩阵来比较它们的相似性。以下是一个简单的例子:
```python
from ase import io
from ase.build import bulk
from ase.neighborlist import neighbor_list
# 读取两个POSCAR文件
structure1 = io.read('POSCAR1')
structure2 = io.read('POSCAR2')
# 计算两个结构之间的距离矩阵
cutoff = 5.0 # 我们选择一个距离截断值
nl1 = neighbor_list('ij', structure1, cutoff)
nl2 = neighbor_list('ij', structure2, cutoff)
dist_matrix1 = structure1.get_all_distances(mic=True)[nl1]
dist_matrix2 = structure2.get_all_distances(mic=True)[nl2]
# 计算结构相似性
similarity = 1.0 - abs(dist_matrix1 - dist_matrix2).sum() / dist_matrix1.size
print('结构相似性为:', similarity)
```
这个例子中,我们首先读取了两个POSCAR文件,并设置了一个距离截断值。然后,我们使用ASE的`neighbor_list`函数计算了两个结构中所有原子之间的距离,并将其保存到距离矩阵中。最后,我们计算了距离矩阵的差异,并将其转换为结构相似性。
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