ASE根据POSCAR中C原子位置的分布情况,计算两个POSCAR结构的结构相似性,要求具体代码

时间: 2024-03-04 19:49:29 浏览: 20
ASE可以通过计算两个结构之间的距离矩阵来比较它们的相似性。以下是一个简单的例子: ```python from ase import io from ase.build import bulk from ase.neighborlist import neighbor_list # 读取两个POSCAR文件 structure1 = io.read('POSCAR1') structure2 = io.read('POSCAR2') # 计算两个结构之间的距离矩阵 cutoff = 5.0 # 我们选择一个距离截断值 nl1 = neighbor_list('ij', structure1, cutoff) nl2 = neighbor_list('ij', structure2, cutoff) dist_matrix1 = structure1.get_all_distances(mic=True)[nl1] dist_matrix2 = structure2.get_all_distances(mic=True)[nl2] # 计算结构相似性 similarity = 1.0 - abs(dist_matrix1 - dist_matrix2).sum() / dist_matrix1.size print('结构相似性为:', similarity) ``` 这个例子中,我们首先读取了两个POSCAR文件,并设置了一个距离截断值。然后,我们使用ASE的`neighbor_list`函数计算了两个结构中所有原子之间的距离,并将其保存到距离矩阵中。最后,我们计算了距离矩阵的差异,并将其转换为结构相似性。

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修改代码,错误如下:File "structure_analysis4.py", line 33, in <module> indices1, indices2, distances = neighbor_list('ijD', pos1, cutoff, self_interaction=False, bothways=True) TypeError: neighbor_list() got an unexpected keyword argument 'bothways'。。from ase import io from ase.build import sort from ase.visualize import view from ase.neighborlist import neighbor_list import numpy as np from ase import Atoms # 加载两个POSCAR文件 pos1 = io.read('POSCAR1') pos2 = io.read('POSCAR2') # 指定原子种类 atom_type = 'C' # 获得第一个POSCAR中指定原子的位置列表 #indices1 = [i for i, atom in enumerate(pos1) if atom.symbol == atom_type] #positions1 = sort(pos1.get_positions()[indices1]) indices1 = [i for i, atom in enumerate(pos1) if atom.symbol == atom_type] positions1 = pos1.get_positions()[indices1] atoms1 = Atoms(symbols=[atom_type]*len(positions1), positions=positions1) sorted_atoms1 = sort(atoms1) # 获得第二个POSCAR中指定原子的位置列表 #indices2 = [i for i, atom in enumerate(pos2) if atom.symbol == atom_type] #positions2 = sort(pos2.get_positions()[indices2]) indices2 = [i for i, atom in enumerate(pos2) if atom.symbol == atom_type] positions2 = pos2.get_positions()[indices2] atoms2 = Atoms(symbols=[atom_type]*len(positions2), positions=positions2) sorted_atoms2 = sort(atoms2) # 计算两个位置列表之间的距离矩阵 cutoff = 5.0 # 距离截断半径 indices1, indices2, distances = neighbor_list('ijD', pos1, cutoff, self_interaction=False, bothways=True) dist_matrix1 = np.zeros((len(positions1), len(positions1))) for i, j, d in zip(indices1, indices2, distances): if i in indices1 and j in indices1: dist_matrix1[indices1.index(i), indices1.index(j)] = d indices1, indices2, distances = neighbor_list('ijD', pos2, cutoff, self_interaction=False, bothways=True) dist_matrix2 = np.zeros((len(positions2), len(positions2))) for i, j, d in zip(indices1, indices2, distances): if i in indices2 and j in indices2: dist_matrix2[indices2.index(i), indices2.index(j)] = d # 计算两个距离矩阵之间的相似性 similarity = 1.0 - np.abs(dist_matrix1 - dist_matrix2).sum() / dist_matrix1.size print('Structure similarity: ', similarity)

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